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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求助荧光定量PCR引物设计
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菜菜0929

木虫 (小有名气)

[求助] 求助荧光定量PCR引物设计已有5人参与

如题，我们课题组转录组测序得到了一些基因的序列，想在选出一些基因，想做荧光定量PCR，要怎么设计引物呢？是拿得到的序列直接设计？还是把序列比对到NCBI找相似的序列设计呢？
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你所浪费的今天是昨天死去的人所奢望的明天，你所厌恶的现在是你回不去的曾经，活在当下
1楼2014-01-03 09:13:42
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菜菜0929

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by love_st at 2014-01-03 10:06:43
可以将序列NCBI BLAST比对，找出序列特异位点设计引物探针，保证PCR的特异性

可是有些基因只有300多bp，能比对的上吗
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你所浪费的今天是昨天死去的人所奢望的明天，你所厌恶的现在是你回不去的曾经，活在当下
5楼2014-01-03 10:34:39
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lf6220

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-01-05 15:45:58
直接根据序列设计引物

[ 发自小木虫客户端 ]
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2楼2014-01-03 09:15:42
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love_st

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
菜菜0929: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-01-04 18:45:47
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-01-05 15:46:06
可以将序列NCBI BLAST比对，找出序列特异位点设计引物探针，保证PCR的特异性
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3楼2014-01-03 10:06:43
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菜菜0929

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lf6220 at 2014-01-03 09:15:42
直接根据序列设计引物

你是这样做的吗？我关键考虑到测序的出来毕竟是拼接出来的吗，这样直接设计可以吗？
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你所浪费的今天是昨天死去的人所奢望的明天，你所厌恶的现在是你回不去的曾经，活在当下
4楼2014-01-03 10:33:27
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