应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求助荧光定量PCR引物设计
131/2返回列表12下一页
查看: 2225  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

菜菜0929

木虫 (小有名气)

[求助] 求助荧光定量PCR引物设计 已有5人参与

如题，我们课题组转录组测序得到了一些基因的序列，想在选出一些基因，想做荧光定量PCR，要怎么设计引物呢？是拿得到的序列直接设计？还是把序列比对到NCBI找相似的序列设计呢？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
你所浪费的今天是昨天死去的人所奢望的明天，你所厌恶的现在是你回不去的曾经，活在当下
1楼 2014-01-03 09:13:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

Jianxiao_H

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流经验！ 2014-01-05 15:45:50
反正我们组是，上ncbi blast找出gene of interest，然后根据同源序列设计引物，然后上荧光定量
赞一下(1人) 回复此楼
多少辛酸不可告人。
10楼2014-01-03 15:50:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

lf6220

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-01-05 15:45:58
直接根据序列设计引物

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
2楼2014-01-03 09:15:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

love_st

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
菜菜0929: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-01-04 18:45:47
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-01-05 15:46:06
可以将序列NCBI BLAST比对，找出序列特异位点设计引物探针，保证PCR的特异性
赞一下 回复此楼
3楼2014-01-03 10:06:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

菜菜0929

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lf6220 at 2014-01-03 09:15:42
直接根据序列设计引物

你是这样做的吗？我关键考虑到测序的出来毕竟是拼接出来的吗，这样直接设计可以吗？
赞一下 回复此楼
你所浪费的今天是昨天死去的人所奢望的明天，你所厌恶的现在是你回不去的曾经，活在当下
4楼2014-01-03 10:33:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

菜菜0929

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by love_st at 2014-01-03 10:06:43
可以将序列NCBI BLAST比对，找出序列特异位点设计引物探针，保证PCR的特异性

可是有些基因只有300多bp，能比对的上吗
赞一下 回复此楼
你所浪费的今天是昨天死去的人所奢望的明天，你所厌恶的现在是你回不去的曾经，活在当下
5楼2014-01-03 10:34:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

love_st

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 菜菜0929 at 2014-01-03 10:34:39
可是有些基因只有300多bp，能比对的上吗...

比对的是你的目的片段，PCR产物只要200以内深圳50bp都没有问题，当然够了
赞一下 回复此楼
6楼2014-01-03 10:38:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

菜菜0929

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by love_st at 2014-01-03 10:38:34
比对的是你的目的片段，PCR产物只要200以内深圳50bp都没有问题，当然够了...

我说的就是我的测序出来的一个基因有的才300bp，比对到NCBI能比对上的一致的也许就只有几十bp了，这样也行嘛？
赞一下 回复此楼
你所浪费的今天是昨天死去的人所奢望的明天，你所厌恶的现在是你回不去的曾经，活在当下
7楼2014-01-03 10:43:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

大海一孤舟

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-01-05 15:46:19
你应该先大概弄清楚你要定量的是什么基因，从你的说法来看，你现在根据你的测序结果能获得的基因是NCBI中检索不到的；那么有可能是你们新发现的基因，应该相信测序结果，依据测序结果，设计引物。
赞一下 回复此楼
8楼2014-01-03 15:22:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

菜菜0929

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 大海一孤舟 at 2014-01-03 15:22:07
你应该先大概弄清楚你要定量的是什么基因，从你的说法来看，你现在根据你的测序结果能获得的基因是NCBI中检索不到的；那么有可能是你们新发现的基因，应该相信测序结果，依据测序结果，设计引物。

好的，谢谢
回复此楼
你所浪费的今天是昨天死去的人所奢望的明天，你所厌恶的现在是你回不去的曾经，活在当下
9楼2014-01-03 15:35:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 菜菜0929 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-31 00:56 by hZiFeudZyoGR
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +7 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 12/600 2026-08-31 00:34 by hZiFeudZyoGR
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-31 00:21 by hZiFeudZyoGR
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-30 22:24 by xiangy672
[基金申请] 为什么到现在没收到通知？ +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 4FFAWE8HcgUD 2026-08-29 4/200 2026-08-30 20:30 by hZiFeudZyoGR
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 4/200 2026-08-30 19:35 by hZiFeudZyoGR
[考博] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 5/250 2026-08-30 18:50 by hZiFeudZyoGR
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 7/350 2026-08-30 18:18 by hZiFeudZyoGR
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 9/450 2026-08-30 17:56 by hZiFeudZyoGR
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-30 17:03 by hZiFeudZyoGR
[博后之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +8 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 9/450 2026-08-30 11:40 by l0VvVHGBGRLv
[基金申请] 29号明天会评吗 +3 笨笨唐 2026-08-28 3/150 2026-08-30 09:29 by cww8181
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-30 06:10 by ZPa0EcMwuECS
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 基金不中，共勉 +11 eulota 2026-08-26 11/550 2026-08-28 14:22 by 火星超人xi
[基金申请] 基金未中，这种答复是模板吗？ +5 zhaosm1982 2026-08-27 6/300 2026-08-27 16:00 by lfy8008
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 今天务委会开完了，明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭