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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 核酸提取 » 为什么酶切后的质粒比没有酶切的跑得远？
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coofir

铜虫 (初入文坛)

[求助] 为什么酶切后的质粒比没有酶切的跑得远？ 已有3人参与

用NEB的酶对之前回收的条带进行酶切。37度水浴3小时后跑电泳，出现了图中的情况。点样孔分别为Marker，酶1，酶2，酶3，CK。一般来说酶切后环状质粒应该变为线状，跑的距离比没有切开的近，可是图中却是跑得更远。请问这是什么原因？图中的条带因为亮度太低我将它们调亮了些。

为什么酶切后的质粒比没有酶切的跑得远？
质粒求助.jpg
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1楼 2015-07-07 16:29:47
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erland21411

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
看你的电泳图，你是双酶切的吧？跑的更远说明跑的快啊，你酶切之后的质粒相对分子量减小了，自然就会跑的更快啊，就是你说的跑的更远
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2楼2015-07-07 16:39:08
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王平阳

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
电泳跑得快慢与分子大小、分子形态、分子状态等相关，你所说的“一般来说酶切后环状质粒应该变为线状，跑的距离比没有切开的近”这种情况是指分子量大小相差不大的情况下，即酶切下的片段不大的情况下，但是当酶切释放的片段相对质粒本身比较大的时候，决定快慢的主要因素不再是分子形态（超螺旋和链状），而是分子大小，谢谢
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没有做不到，只有想不到！
3楼2015-07-07 16:43:27
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liwuling

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
coofir: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-07-07 17:46:59
是不是你这个质粒有部分开环了，也就是变成了OC构型的，这种构型跑得比线性的也就是L构型的要慢。因为质粒是很容易开环的，实验中有点没注意就会发生。
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4楼2015-07-07 17:23:05
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coofir

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by erland21411 at 2015-07-07 16:39:08
看你的电泳图，你是双酶切的吧？跑的更远说明跑的快啊，你酶切之后的质粒相对分子量减小了，自然就会跑的更快啊，就是你说的跑的更远

每个泳道都是一个酶切的，所以才很纳闷。
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5楼2015-07-07 17:33:51
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coofir

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 王平阳 at 2015-07-07 16:43:27
电泳跑得快慢与分子大小、分子形态、分子状态等相关，你所说的“一般来说酶切后环状质粒应该变为线状，跑的距离比没有切开的近”这种情况是指分子量大小相差不大的情况下，即酶切下的片段不大的情况下，但是当酶切释 ...

谢谢你的回答，但我还是有点疑惑。通过和最后一个泳道的，也就是没有加酶的质粒进行对比可以知道前面三个泳道上面的那个条带是没有切开的质粒，而下面的那则是酶切后的质粒。因为总共就两个条带，所以可以认为只有一个切口，而不是酶切下来的一个小片段。
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6楼2015-07-07 17:42:15
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coofir

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by liwuling at 2015-07-07 17:23:05
是不是你这个质粒有部分开环了，也就是变成了OC构型的，这种构型跑得比线性的也就是L构型的要慢。因为质粒是很容易开环的，实验中有点没注意就会发生。

谢谢你的回答。这个质粒是我之前切胶回收所得的，我刚刚看了下发现回收后的电泳图比之前提取后电泳的已经发生了上移，这样就能解释为什么酶切后反而会向下移动了。非常感谢！
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7楼2015-07-07 17:46:47
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