24小时热门版块排行榜    

查看: 2654  |  回复: 9

lmc2537

铜虫 (小有名气)

[求助] 设计了两对引物,但是结果不一样 已有2人参与

设计了两队引物,但是结果不一样。模板是cDNA,p出来的是不跨内含子的那对引物,P不出来的是跨内含子的那对引物(但是阳性对照P出来了),觉得很奇怪,所以我怀疑是DNA污染,因此我用这个样品p了一个文献上不能表达的基因,如果有基因污染的话,按理说应该P得出来,但是奇怪的是没有P出来(阳性对照P出来了),所以现在不知道到底是什么原因导致的,求大神解答,附图如下:
谢谢

设计了两对引物,但是结果不一样
不跨内含子的引物.jpg


设计了两对引物,但是结果不一样-1
跨内含子.jpg


设计了两对引物,但是结果不一样-2
已知不表达的基因.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bwangel

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-09-08 16:24:27
lmc2537: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-09-09 10:09:41
lmc2537: 金币+2, 有帮助 2014-09-09 19:59:50
你不跨内含子的引物能扩出来,跨的扩不出来,很可能不是cDNA出问题,而是你引物出问题了,你是按照预测的序列来设计的吧,很可能预测序列和真实序列有点出入导致,要想验证这个想法对不对你可以再外围不跨区域再设计对引物,扩出来后扩个二次就清楚了
2楼2014-09-08 08:34:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

我欲乘风归去

木虫 (正式写手)

你的阴性对照呢? 看一下是不是有引物或者其他污染。
3楼2014-09-08 09:15:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lmc2537

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 我欲乘风归去 at 2014-09-08 09:15:45
你的阴性对照呢? 看一下是不是有引物或者其他污染。

有空白对照,我没放上去
4楼2014-09-09 10:07:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lmc2537

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by bwangel at 2014-09-08 08:34:29
你不跨内含子的引物能扩出来,跨的扩不出来,很可能不是cDNA出问题,而是你引物出问题了,你是按照预测的序列来设计的吧,很可能预测序列和真实序列有点出入导致,要想验证这个想法对不对你可以再外围不跨区域再设计 ...

根据什么判断不是cDNA出问题呢
我根据的是参考序列设计的,应该是验证过的,
5楼2014-09-09 10:09:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
lmc2537(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-09-10 08:55:49
用NC对照就知道是不是DNA污染。
6楼2014-09-09 12:14:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lmc2537

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by jurkat.1640 at 2014-09-09 12:14:42
用NC对照就知道是不是DNA污染。

你指的阴性对照,是直接拿提取的RNA作为对照吗?

[ 发自小木虫客户端 ]
7楼2014-09-09 12:34:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

引用回帖:
7楼: Originally posted by lmc2537 at 2014-09-09 12:34:50
你指的阴性对照,是直接拿提取的RNA作为对照吗?
...

没有逆转录酶的RNA样品。
8楼2014-09-09 14:21:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bwangel

银虫 (小有名气)

★ ★
lmc2537(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-09-10 08:56:13
引用回帖:
5楼: Originally posted by lmc2537 at 2014-09-09 10:09:23
根据什么判断不是cDNA出问题呢
我根据的是参考序列设计的,应该是验证过的,...

参考序列,顶多也是测序序列,即使品种不同,也可能有一定的变异,你和测序的品种不同,有那么几个变异很正常,如果你怀疑,就和我说的设计个外围引物,然后扩出来去测个序就明白了,跨内含子的区域比较不稳定点,如果你3‘端多点的话,放低温度可能有点效
9楼2014-09-09 15:59:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lmc2537

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by bwangel at 2014-09-09 15:59:32
参考序列,顶多也是测序序列,即使品种不同,也可能有一定的变异,你和测序的品种不同,有那么几个变异很正常,如果你怀疑,就和我说的设计个外围引物,然后扩出来去测个序就明白了,跨内含子的区域比较不稳定点, ...

好的,谢谢
10楼2014-09-09 19:58:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lmc2537 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 澳大利亚 Murdoch University 全奖博士招生(3个名额)地质化工冶金领域 +61 AI8RaGaPaSCR 2026-08-07 64/3200 2026-08-14 05:45 by yNk0cTSDcreS
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +11 医学老男孩 2026-08-13 29/1450 2026-08-14 00:04 by 大快人心啦
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +9 majunge000 2026-08-10 12/600 2026-08-13 23:20 by iwuli
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +3 启萌科技 2026-08-12 11/550 2026-08-13 22:57 by 启萌科技
[硕博家园] 一作与独作在应聘高校教师时区别大吗 +3 mbygzh 2026-08-08 4/200 2026-08-13 19:31 by 龙-樱
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] filecode +14 documentary 2026-08-10 16/800 2026-08-13 16:39 by 润生71
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见,大家看看几个A,几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +3 yuleib84 2026-08-11 3/150 2026-08-11 21:53 by jnhyjjm
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[硕博家园] 读博的好处 +3 lnee 2026-08-11 3/150 2026-08-11 18:10 by 希望我好好的
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 关于代码变化问题,想知道的进来 +17 且听虎啸 2026-08-07 24/1200 2026-08-10 18:35 by zhangduo2008
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] fileCode有新解读? +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
信息提示
请填处理意见