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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 设计了两对引物，但是结果不一样
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lmc2537

铜虫 (小有名气)

[求助] 设计了两对引物，但是结果不一样已有2人参与

设计了两队引物，但是结果不一样。模板是cDNA，p出来的是不跨内含子的那对引物，P不出来的是跨内含子的那对引物（但是阳性对照P出来了），觉得很奇怪，所以我怀疑是DNA污染，因此我用这个样品p了一个文献上不能表达的基因，如果有基因污染的话，按理说应该P得出来，但是奇怪的是没有P出来（阳性对照P出来了），所以现在不知道到底是什么原因导致的，求大神解答，附图如下：
谢谢

设计了两对引物，但是结果不一样
不跨内含子的引物.jpg


设计了两对引物，但是结果不一样-1
跨内含子.jpg


设计了两对引物，但是结果不一样-2
已知不表达的基因.jpg
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1楼2014-09-07 15:01:41
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lmc2537

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 我欲乘风归去 at 2014-09-08 09:15:45
你的阴性对照呢？ 看一下是不是有引物或者其他污染。

有空白对照，我没放上去
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4楼2014-09-09 10:07:47
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bwangel

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-09-08 16:24:27
lmc2537: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-09-09 10:09:41
lmc2537: 金币+2, ★有帮助 2014-09-09 19:59:50
你不跨内含子的引物能扩出来，跨的扩不出来，很可能不是cDNA出问题，而是你引物出问题了，你是按照预测的序列来设计的吧，很可能预测序列和真实序列有点出入导致，要想验证这个想法对不对你可以再外围不跨区域再设计对引物，扩出来后扩个二次就清楚了
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2楼2014-09-08 08:34:29
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我欲乘风归去

木虫 (正式写手)
你的阴性对照呢？ 看一下是不是有引物或者其他污染。
赞一下(2人) 回复此楼
。
3楼2014-09-08 09:15:45
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lmc2537

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by bwangel at 2014-09-08 08:34:29
你不跨内含子的引物能扩出来，跨的扩不出来，很可能不是cDNA出问题，而是你引物出问题了，你是按照预测的序列来设计的吧，很可能预测序列和真实序列有点出入导致，要想验证这个想法对不对你可以再外围不跨区域再设计 ...

根据什么判断不是cDNA出问题呢
我根据的是参考序列设计的，应该是验证过的，
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5楼2014-09-09 10:09:23
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