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质粒测序后blast结果分析(菜鸟求助)
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人于两点
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专业: 抗感染药物药理
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质粒测序后blast结果分析(菜鸟求助)
已有6人参与
第一次做,质粒昨天送过去测序,今天出结果。F引物测出来一段序列1129bp,R引物测出来一段序列1154bp,可是我目的序列是1290bp啊!NCBI Blast比对结果如下:
F引物结果
R引物结果
求大神解释一下
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1楼
2014-08-06 16:02:33
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专业: 抗感染药物药理
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2楼
:
Originally posted by
songzuowei
at 2014-08-06 16:32:53
大哥 第一次测序吧 这个很正常 测序是从模板一端开始顺着引物往下走 一般可靠的结果是800bp左右 不过测出来的结果不止800bp还要延伸一段 上下游都如此,这样上下游测出来的中间一段是重复的,你目的片段1300,测一个 ...
现在拼接结果测序公司发过来了,但是拼接结果是拼接片段是1348bp,而且blast结果是
为什么不是接近100%呢?而且测序的片段与目的片段只有中间是配对的(见下图)
这是为什么啊?
求大神解答啊!
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5楼
2014-08-06 17:57:41
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songzuowei
木虫
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帖子: 2058
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性别: GG
专业: 生物大分子结构与功能
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★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
人于两点: 金币+5,
★★★
很有帮助
2014-08-06 17:40:58
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流!
2014-08-07 10:56:02
大哥 第一次测序吧 这个很正常 测序是从模板一端开始顺着引物往下走 一般可靠的结果是800bp左右 不过测出来的结果不止800bp还要延伸一段 上下游都如此,这样上下游测出来的中间一段是重复的,你目的片段1300,测一个反应是测不完,故你上下游引物测很正确,测完拼接一下就行,不知道你明白不?
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2楼
2014-08-06 16:32:53
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专业: 细胞增殖、生长与分化
【答案】应助回帖
★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流
2014-08-06 19:41:13
需要将两段序列进行拼接。可以去测序公司主页下载相关软件,或者直接让公司帮你拼接。
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www------sr-------------
3楼
2014-08-06 16:38:39
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2楼
:
Originally posted by
songzuowei
at 2014-08-06 16:32:53
大哥 第一次测序吧 这个很正常 测序是从模板一端开始顺着引物往下走 一般可靠的结果是800bp左右 不过测出来的结果不止800bp还要延伸一段 上下游都如此,这样上下游测出来的中间一段是重复的,你目的片段1300,测一个 ...
是啊,第一次测。那大神,你是怎么拼接的呢?
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4楼
2014-08-06 17:09:46
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