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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 质粒测序后blast结果分析（菜鸟求助）
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人于两点

铜虫 (小有名气)

[求助] 质粒测序后blast结果分析（菜鸟求助） 已有6人参与

第一次做，质粒昨天送过去测序，今天出结果。F引物测出来一段序列1129bp，R引物测出来一段序列1154bp，可是我目的序列是1290bp啊！NCBI Blast比对结果如下：
F引物结果质粒测序后blast结果分析（菜鸟求助）
R引物结果质粒测序后blast结果分析（菜鸟求助）-1
求大神解释一下
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1楼 2014-08-06 16:02:33
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贤愚Libra

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-08-06 19:41:13
需要将两段序列进行拼接。可以去测序公司主页下载相关软件，或者直接让公司帮你拼接。
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www------sr-------------
3楼2014-08-06 16:38:39
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songzuowei

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
人于两点: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-08-06 17:40:58
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-08-07 10:56:02
大哥 第一次测序吧 这个很正常 测序是从模板一端开始顺着引物往下走 一般可靠的结果是800bp左右 不过测出来的结果不止800bp还要延伸一段 上下游都如此，这样上下游测出来的中间一段是重复的，你目的片段1300，测一个反应是测不完，故你上下游引物测很正确，测完拼接一下就行，不知道你明白不？
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2楼2014-08-06 16:32:53
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人于两点

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by songzuowei at 2014-08-06 16:32:53
大哥 第一次测序吧 这个很正常 测序是从模板一端开始顺着引物往下走 一般可靠的结果是800bp左右 不过测出来的结果不止800bp还要延伸一段 上下游都如此，这样上下游测出来的中间一段是重复的，你目的片段1300，测一个 ...

是啊，第一次测。那大神，你是怎么拼接的呢？
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4楼2014-08-06 17:09:46
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人于两点

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by songzuowei at 2014-08-06 16:32:53
大哥 第一次测序吧 这个很正常 测序是从模板一端开始顺着引物往下走 一般可靠的结果是800bp左右 不过测出来的结果不止800bp还要延伸一段 上下游都如此，这样上下游测出来的中间一段是重复的，你目的片段1300，测一个 ...

现在拼接结果测序公司发过来了，但是拼接结果是拼接片段是1348bp，而且blast结果是质粒测序后blast结果分析（菜鸟求助）-2
为什么不是接近100%呢？而且测序的片段与目的片段只有中间是配对的（见下图）
质粒测序后blast结果分析（菜鸟求助）-3
这是为什么啊？
求大神解答啊！
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5楼2014-08-06 17:57:41
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