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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 请问我的菌落PCR测序产物目的片段是什么
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追邃2015

新虫 (初入文坛)

[求助] 请问我的菌落PCR测序产物目的片段是什么 已有4人参与

请问我的菌落PCR测序产物是如下片段，用的M13引物，pMD-19 vector，因为我设计的引物是简并引物，所以序列里边找不到，想问谁知道我的目的片段怎么找，以及是什么？谢谢？
引物如下：F 5'  CATSGANTGGGGTGTHAT  3'
                 R5' GTGRAGAATRCTCTTGWACT3'


以下是测序结果：CGATGGTAGCGCGGATCTTCAGAGATTACTGTTCTCCCGGCCTCAAATAACCCATCAATTATGATGCTGTATAAAATAGCTGAAGGCTTTATTCCCCTCTGCAGCATTTCTCTGAAAAGACTCAATCCTTCATCAATCCTTCCAATTTTACAATAGCCATTAACAAGTGTACAATACACTACAACGTTTGGTTCAATGCCAGCTGACACCATAGCATCAAATACTCTTAATGCTTTCTCCATCTTGCCAACAAGACAGTACCCATCCATCAGCATACTATACACCACAGCATCAGGATGCTGACCAGCATTTACAGTTAAGTCAAATATATTTTGTGCGTCCATTATCCTTCCCAGTTTGCAAAGGTTGTTAATTATCGAACTGAAGAAAACAATATCAAGACGCATGCCATTATTCATTATTTCCAAAATCAATTCCTTGGCTTTCAGTAAACTACCATGAGTACAAAAACCTTGAATCAGGCAATGGTATGCATATTTATCAGGTGCTACTCCTTGATCAATCATCTGATTAAATTTCTCCATAGCATCATCCATCTTACCGATTCTGCAGAGGGCAGCAATCACTGACGTATAGGTCACCACATCAGGTTTCACTCCATGGTCTCTCATTTCATTGAAGATGATCATAGCCTTATCTAGCATTCCACAGTTTGCATATGCCTTGATCAGCACACTAAAAGTATAAATGTCAGGTGCAATACCGTCACCTAGCATCAAATCGAAGAGATCTGTCATATCAACTAGACATCCTTTAGTGGCGTACCCGTTGAGCATAATTTTGTAGGAGAAAACATCAGGATTTTGGCCCTTCATTGCCATTGTGTCAAAAACATCTCTAGCTTCCTTGATTTTTCCATACTTGCAAAGGGAACCCATCAACATGTTAAAAGTAACAACATCTGGTAAGATGCTCTGTCTTCTCATTTCTTTAAATACCCTAACTGCCTCCTTCCACTGTCCTGTGGAGGAGTATCCATATATCAAGTTATTATATGTCCAGTTATTTGGCAGACACTTTATTGACATTTGTCGAAGAAAGCCTCTGCTGTCCATTGCTCTGCTTACCAGGCATGATCACAGAGCTATAGTCAACAAATCAGTGATACCCGGCTGTACATTTCTTTGAATAGATCCAATGCTTATTACGTTCACCTCCTTAGAGCGTCGATTACGTATGTAGCACCACGTTCGGGAACGAACGTTCCCCACG
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1楼 2014-06-12 12:55:16
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

luwei13566

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
追邃2015(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-06-13 16:31:32
建议这个样品直接提一下质粒测序吧，这个结果不是你的样品的。前后都没有通用引物序列。
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大家相互帮助哈
8楼2014-06-12 23:13:29
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普通回帖

liug268

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
追邃2015(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-06-12 18:52:47
楼主是做玉米的吗？
首先在你的序列里找不到上下游引物的序列。你如果是用PCR扩增的产物测序的那就不会在测得的序列中找到引物序列。
然后，我用你的序列到NCBI里面BLAST了一下，发现跟玉米的PPR-814c mRNA基因cDNA很像。
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2楼2014-06-12 14:31:50
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sometimess

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
怎么在序列里面没有找到该载体的克隆位点、
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3楼2014-06-12 14:51:50
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追邃2015

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by sometimess at 2014-06-12 14:51:50
怎么在序列里面没有找到该载体的克隆位点、

我也不清楚，这就是他给我发的测序结果
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4楼2014-06-12 20:47:52
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追邃2015

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liug268 at 2014-06-12 14:31:50
楼主是做玉米的吗？
首先在你的序列里找不到上下游引物的序列。你如果是用PCR扩增的产物测序的那就不会在测得的序列中找到引物序列。
然后，我用你的序列到NCBI里面BLAST了一下，发现跟玉米的PPR-814c mRNA基因cD ...

我做的不是玉米是火鹤，可能我设计的是兼并引物，所以测序结果里没有，我用的是菌液测序，求助啊，，，，，，
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5楼2014-06-12 20:50:43
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考拉003

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-06-12 23:54:24
他是不是给你把测序结果发错了啊，这是一个有关玉米的基因，从第28位开始为基因的起始位点，到1216位结束好像。但这个基因与玉米Zea mays PPR-814c mRNA, complete cds有96%的相似性
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不是微生物专业的却进入微生物行业
6楼2014-06-12 21:14:19
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liug268

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 追邃2015 at 2014-06-12 20:50:43
我做的不是玉米是火鹤，可能我设计的是兼并引物，所以测序结果里没有，我用的是菌液测序，求助啊，，，，，，...

那就是结果发错人了吧，跟玉米相似度如此之高。
建议跟测序公司询问一下。当然还有可能你们的PCR产物污染了
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7楼2014-06-12 22:38:20
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追邃2015

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by liug268 at 2014-06-12 22:38:20
那就是结果发错人了吧，跟玉米相似度如此之高。
建议跟测序公司询问一下。当然还有可能你们的PCR产物污染了...

恩，谢谢，你说有没有可能我设计的引物不成功，所以测序结果里没有我想要的，还有昨天问的老师，他说做菌落PCR时，引物一个是M13一个是自己设计的引物，不知道你做的时候怎么用的引物呢？
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9楼2014-06-13 06:43:12
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追邃2015

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by luwei13566 at 2014-06-12 23:13:29
建议这个样品直接提一下质粒测序吧，这个结果不是你的样品的。前后都没有通用引物序列。

恩，谢谢，你说有没有可能我设计的引物不成功，所以测序结果里没有我想要的，还有昨天问的老师，他说做菌落PCR时，引物一个是M13一个是自己设计的引物，不知道你做的时候怎么用的引物呢？
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10楼2014-06-13 06:44:20
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