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yangcaoqing

新虫 (小有名气)


[交流] race实验 载体测序 获得的片段不是目的片段

初次做race实验,在测序方面遇到了好多问题,希望各位高手能帮我分析分析。
1 一个基因连载体后测序一般都送几个菌落呢?我送了两三个菌落,测序结果为什么不一样呢?备注:都可以找到GSP引物和AUAP引物。
2 测序后跟目的基因比对,前100bp可以比对上,后面几百的bp就比对不上了,这是为什么呢?
3 同一个基因,我已经换了三条GSP内层引物了,每次测序回来都不是我要的基因序列,有什么解决这种问题的办法呢?

谢谢各位啊!
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yangcaoqing

新虫 (小有名气)


木有人理我...
2楼2012-06-27 10:56:44
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wcg129

禁虫 (著名写手)

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小丹木木: 金币+2, 股交流 2012-06-27 13:45:53
yangcaoqing: 金币+5, 终于有人回帖了 谢谢啊 2012-06-27 15:52:33
本帖内容被屏蔽

3楼2012-06-27 13:13:15
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yangcaoqing

新虫 (小有名气)


引用回帖:
3楼: Originally posted by wcg129 at 2012-06-27 13:13:15
我送了两三个菌落,测序结果为什么不一样呢?备注:都可以找到GSP引物和AUAP引物。
这个可以再提高退火温度试试

还有你扩的基因是什么类型基因,如果是诱导型表达的最好诱导后增强其表达再提取RNA再做

内层扩增我做过梯度检测,每个梯度条带都很明亮而且单一;另外,不是诱导型表达的基因。菌落PCR检测时用的是GSP内层引物和AUAP,扩出来的条带和内层PCR扩增的条带一致。想请教下问题还有可能出在哪里呢?
4楼2012-06-27 15:58:25
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wcg129

禁虫 (著名写手)

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yangcaoqing: 金币+1, 3ks 2012-06-28 17:04:33
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5楼2012-06-27 16:03:47
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tulip1213

银虫 (小有名气)


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小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-28 16:02:21
yangcaoqing: 金币+1, 谢谢 我重新设计引物试一下 2012-06-28 17:14:01
重新设计引物吧。估计你的引物有问题。做RACE前先用兼并引物扩目的片段,如果是基因家族,这些目的片段的序列都不会相同(除去引物),设计RACE引物时,避开原先的引物。内引物与外引物相差100-200bp为妙。
引物设计不好会影响结果。换引物吧。

我一般只送一个菌落。如果你送了3个菌落,测序结果都不一样,只能说明你设计的引物有问题。发生了错配。。。。。
6楼2012-06-28 15:14:58
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2zongyou

铜虫 (正式写手)


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yangcaoqing: 金币+1, 3ks 2012-06-28 17:15:54
我也认为你还是重新设计引物,提高退火,用tuch down 扩增,如果是3‘端直接就能扩增出来
7楼2012-06-28 15:50:30
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yangcaoqing

新虫 (小有名气)


引用回帖:
6楼: Originally posted by tulip1213 at 2012-06-28 15:14:58
重新设计引物吧。估计你的引物有问题。做RACE前先用兼并引物扩目的片段,如果是基因家族,这些目的片段的序列都不会相同(除去引物),设计RACE引物时,避开原先的引物。内引物与外引物相差100-200bp为妙。
引物设 ...

3‘一般能扩增多长呢?为什么我扩了700bp,测序的结果只有前100bp左右是目的片段的序列,后面的就比对不上了呢?
8楼2012-06-28 17:15:29
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tulip1213

银虫 (小有名气)


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yangcaoqing: 金币+1, 3ks 2012-06-30 08:51:36
做3-RACE,我都是自己设计接头引物,不用试剂盒。能扩1200bp以上,然后将测序结果上NCBI比对。就知道你的扩的序列是否正确。
10楼2012-06-29 15:32:53
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yangcaoqing

新虫 (小有名气)


引用回帖:
10楼: Originally posted by tulip1213 at 2012-06-29 15:32:53
做3-RACE,我都是自己设计接头引物,不用试剂盒。能扩1200bp以上,然后将测序结果上NCBI比对。就知道你的扩的序列是否正确。

你扩增的时候用的酶及buffer有什么特殊要求么,有没有试过用mix扩呢?
11楼2012-06-30 08:53:03
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2012-06-28 18:06   回复  
liu2004m12楼
2012-06-30 09:22   回复  
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