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yangcaoqing

新虫 (小有名气)

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[交流] race实验载体测序获得的片段不是目的片段

初次做race实验，在测序方面遇到了好多问题，希望各位高手能帮我分析分析。
1 一个基因连载体后测序一般都送几个菌落呢？我送了两三个菌落，测序结果为什么不一样呢？备注：都可以找到GSP引物和AUAP引物。
2 测序后跟目的基因比对，前100bp可以比对上，后面几百的bp就比对不上了，这是为什么呢？
3 同一个基因，我已经换了三条GSP内层引物了，每次测序回来都不是我要的基因序列，有什么解决这种问题的办法呢？

谢谢各位啊！

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1楼 2012-06-26 11:02:09

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yangcaoqing

新虫 (小有名气)

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引用回帖:

3楼: Originally posted by wcg129 at 2012-06-27 13:13:15
我送了两三个菌落，测序结果为什么不一样呢？备注：都可以找到GSP引物和AUAP引物。
这个可以再提高退火温度试试

还有你扩的基因是什么类型基因，如果是诱导型表达的最好诱导后增强其表达再提取RNA再做

内层扩增我做过梯度检测，每个梯度条带都很明亮而且单一；另外，不是诱导型表达的基因。菌落PCR检测时用的是GSP内层引物和AUAP，扩出来的条带和内层PCR扩增的条带一致。想请教下问题还有可能出在哪里呢？