24小时热门版块排行榜    

查看: 2346  |  回复: 11

yangcaoqing

新虫 (小有名气)


[交流] race实验 载体测序 获得的片段不是目的片段

初次做race实验,在测序方面遇到了好多问题,希望各位高手能帮我分析分析。
1 一个基因连载体后测序一般都送几个菌落呢?我送了两三个菌落,测序结果为什么不一样呢?备注:都可以找到GSP引物和AUAP引物。
2 测序后跟目的基因比对,前100bp可以比对上,后面几百的bp就比对不上了,这是为什么呢?
3 同一个基因,我已经换了三条GSP内层引物了,每次测序回来都不是我要的基因序列,有什么解决这种问题的办法呢?

谢谢各位啊!
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

生物实验技术与方法 测序相关问题

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yangcaoqing

新虫 (小有名气)


木有人理我...
2楼2012-06-27 10:56:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wcg129

禁虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
小丹木木: 金币+2, 股交流 2012-06-27 13:45:53
yangcaoqing: 金币+5, 终于有人回帖了 谢谢啊 2012-06-27 15:52:33
本帖内容被屏蔽

3楼2012-06-27 13:13:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yangcaoqing

新虫 (小有名气)


引用回帖:
3楼: Originally posted by wcg129 at 2012-06-27 13:13:15
我送了两三个菌落,测序结果为什么不一样呢?备注:都可以找到GSP引物和AUAP引物。
这个可以再提高退火温度试试

还有你扩的基因是什么类型基因,如果是诱导型表达的最好诱导后增强其表达再提取RNA再做

内层扩增我做过梯度检测,每个梯度条带都很明亮而且单一;另外,不是诱导型表达的基因。菌落PCR检测时用的是GSP内层引物和AUAP,扩出来的条带和内层PCR扩增的条带一致。想请教下问题还有可能出在哪里呢?
4楼2012-06-27 15:58:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wcg129

禁虫 (著名写手)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
yangcaoqing: 金币+1, 3ks 2012-06-28 17:04:33
本帖内容被屏蔽

5楼2012-06-27 16:03:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tulip1213

银虫 (小有名气)


★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-28 16:02:21
yangcaoqing: 金币+1, 谢谢 我重新设计引物试一下 2012-06-28 17:14:01
重新设计引物吧。估计你的引物有问题。做RACE前先用兼并引物扩目的片段,如果是基因家族,这些目的片段的序列都不会相同(除去引物),设计RACE引物时,避开原先的引物。内引物与外引物相差100-200bp为妙。
引物设计不好会影响结果。换引物吧。

我一般只送一个菌落。如果你送了3个菌落,测序结果都不一样,只能说明你设计的引物有问题。发生了错配。。。。。
6楼2012-06-28 15:14:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

2zongyou

铜虫 (正式写手)


★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
yangcaoqing: 金币+1, 3ks 2012-06-28 17:15:54
我也认为你还是重新设计引物,提高退火,用tuch down 扩增,如果是3‘端直接就能扩增出来
7楼2012-06-28 15:50:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yangcaoqing

新虫 (小有名气)


引用回帖:
6楼: Originally posted by tulip1213 at 2012-06-28 15:14:58
重新设计引物吧。估计你的引物有问题。做RACE前先用兼并引物扩目的片段,如果是基因家族,这些目的片段的序列都不会相同(除去引物),设计RACE引物时,避开原先的引物。内引物与外引物相差100-200bp为妙。
引物设 ...

3‘一般能扩增多长呢?为什么我扩了700bp,测序的结果只有前100bp左右是目的片段的序列,后面的就比对不上了呢?
8楼2012-06-28 17:15:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tulip1213

银虫 (小有名气)


★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
yangcaoqing: 金币+1, 3ks 2012-06-30 08:51:36
做3-RACE,我都是自己设计接头引物,不用试剂盒。能扩1200bp以上,然后将测序结果上NCBI比对。就知道你的扩的序列是否正确。
10楼2012-06-29 15:32:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yangcaoqing

新虫 (小有名气)


引用回帖:
10楼: Originally posted by tulip1213 at 2012-06-29 15:32:53
做3-RACE,我都是自己设计接头引物,不用试剂盒。能扩1200bp以上,然后将测序结果上NCBI比对。就知道你的扩的序列是否正确。

你扩增的时候用的酶及buffer有什么特殊要求么,有没有试过用mix扩呢?
11楼2012-06-30 08:53:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
2012-06-28 18:06   回复  
liu2004m12楼
2012-06-30 09:22   回复  
相关版块跳转 我要订阅楼主 yangcaoqing 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 265求调剂 +12 梁梁校校 2026-03-19 13/650 2026-03-20 21:01 by 无际的草原
[考研] 一志愿中南化学(0703)总分337求调剂 +6 niko- 2026-03-19 7/350 2026-03-20 20:52 by JourneyLucky
[考研] 085700资源与环境308求调剂 +11 墨墨漠 2026-03-18 12/600 2026-03-20 19:43 by 丁丁*
[考研] 求调剂 +3 @taotao 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:35 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 eation27 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:32 by JourneyLucky
[考研] 招收调剂硕士 +4 lidianxing 2026-03-19 12/600 2026-03-20 12:25 by lidianxing
[考博] 招收博士1-2人 +3 QGZDSYS 2026-03-18 3/150 2026-03-20 11:58 by 呱呱呱呱叫
[考研] 0703化学调剂 +10 妮妮ninicgb 2026-03-15 14/700 2026-03-19 22:59 by 学员8dgXkO
[考研] 材料与化工求调剂 +7 为学666 2026-03-16 7/350 2026-03-19 14:48 by 尽舜尧1
[考研] 324分 085600材料化工求调剂 +3 llllkkkhh 2026-03-18 3/150 2026-03-19 14:22 by houyaoxu
[考研] 求调剂,一志愿:南京航空航天大学大学 ,080500材料科学与工程学硕,总分289分 +3 @taotao 2026-03-19 3/150 2026-03-19 14:07 by peike
[考研] 08工科 320总分 求调剂 +5 梨花珞晚风 2026-03-17 5/250 2026-03-18 14:49 by haxia
[考研] 材料专硕306英一数二 +10 z1z2z3879 2026-03-16 13/650 2026-03-18 14:20 by 007_lilei
[考研] 0703化学调剂 +3 妮妮ninicgb 2026-03-17 3/150 2026-03-18 10:29 by macy2011
[考博] 26申博 +4 八6八68 2026-03-16 4/200 2026-03-17 13:00 by 轻松不少随
[考研] 机械专硕325,寻找调剂院校 +3 y9999 2026-03-15 5/250 2026-03-16 19:58 by y9999
[考研] 318求调剂 +3 Yanyali 2026-03-15 3/150 2026-03-16 16:41 by houyaoxu
[考研] 0703化学调剂 290分有科研经历,论文在投 +7 腻腻gk 2026-03-14 7/350 2026-03-16 10:12 by houyaoxu
[考研] 26考研一志愿中国石油大学(华东)305分求调剂 +3 嘉年新程 2026-03-15 3/150 2026-03-15 13:58 by 哈哈哈哈嘿嘿嘿
[考研] 297求调剂 +4 学海漂泊 2026-03-13 4/200 2026-03-14 11:51 by 热情沙漠
信息提示
请填处理意见