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race实验 载体测序 获得的片段不是目的片段
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yangcaoqing
新虫
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[交流]
race实验 载体测序 获得的片段不是目的片段
初次做race实验,在测序方面遇到了好多问题,希望各位高手能帮我分析分析。
1 一个基因连载体后测序一般都送几个菌落呢?我送了两三个菌落,测序结果为什么不一样呢?备注:都可以找到GSP引物和AUAP引物。
2 测序后跟目的基因比对,前100bp可以比对上,后面几百的bp就比对不上了,这是为什么呢?
3 同一个基因,我已经换了三条GSP内层引物了,每次测序回来都不是我要的基因序列,有什么解决这种问题的办法呢?
谢谢各位啊!
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1楼
2012-06-26 11:02:09
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yangcaoqing
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6楼
:
Originally posted by
tulip1213
at 2012-06-28 15:14:58
重新设计引物吧。估计你的引物有问题。做RACE前先用兼并引物扩目的片段,如果是基因家族,这些目的片段的序列都不会相同(除去引物),设计RACE引物时,避开原先的引物。内引物与外引物相差100-200bp为妙。
引物设 ...
3‘一般能扩增多长呢?为什么我扩了700bp,测序的结果只有前100bp左右是目的片段的序列,后面的就比对不上了呢?
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8楼
2012-06-28 17:15:29
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yangcaoqing
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木有人理我...
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2楼
2012-06-27 10:56:44
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wcg129
禁虫
(著名写手)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
小丹木木: 金币+2, 股交流
2012-06-27 13:45:53
yangcaoqing: 金币+5, 终于有人回帖了 谢谢啊
2012-06-27 15:52:33
本帖内容被屏蔽
3楼
2012-06-27 13:13:15
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yangcaoqing
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3楼
:
Originally posted by
wcg129
at 2012-06-27 13:13:15
我送了两三个菌落,测序结果为什么不一样呢?备注:都可以找到GSP引物和AUAP引物。
这个可以再提高退火温度试试
还有你扩的基因是什么类型基因,如果是诱导型表达的最好诱导后增强其表达再提取RNA再做
内层扩增我做过梯度检测,每个梯度条带都很明亮而且单一;另外,不是诱导型表达的基因。菌落PCR检测时用的是GSP内层引物和AUAP,扩出来的条带和内层PCR扩增的条带一致。想请教下问题还有可能出在哪里呢?
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4楼
2012-06-27 15:58:25
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