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追邃2015

新虫 (初入文坛)

[求助] 请问我的菌落PCR测序产物目的片段是什么 已有4人参与

请问我的菌落PCR测序产物是如下片段,用的M13引物,pMD-19 vector,因为我设计的引物是简并引物,所以序列里边找不到,想问谁知道我的目的片段怎么找,以及是什么?谢谢?
引物如下:F 5'  CATSGANTGGGGTGTHAT  3'
                 R5' GTGRAGAATRCTCTTGWACT3'


以下是测序结果:CGATGGTAGCGCGGATCTTCAGAGATTACTGTTCTCCCGGCCTCAAATAACCCATCAATTATGATGCTGTATAAAATAGCTGAAGGCTTTATTCCCCTCTGCAGCATTTCTCTGAAAAGACTCAATCCTTCATCAATCCTTCCAATTTTACAATAGCCATTAACAAGTGTACAATACACTACAACGTTTGGTTCAATGCCAGCTGACACCATAGCATCAAATACTCTTAATGCTTTCTCCATCTTGCCAACAAGACAGTACCCATCCATCAGCATACTATACACCACAGCATCAGGATGCTGACCAGCATTTACAGTTAAGTCAAATATATTTTGTGCGTCCATTATCCTTCCCAGTTTGCAAAGGTTGTTAATTATCGAACTGAAGAAAACAATATCAAGACGCATGCCATTATTCATTATTTCCAAAATCAATTCCTTGGCTTTCAGTAAACTACCATGAGTACAAAAACCTTGAATCAGGCAATGGTATGCATATTTATCAGGTGCTACTCCTTGATCAATCATCTGATTAAATTTCTCCATAGCATCATCCATCTTACCGATTCTGCAGAGGGCAGCAATCACTGACGTATAGGTCACCACATCAGGTTTCACTCCATGGTCTCTCATTTCATTGAAGATGATCATAGCCTTATCTAGCATTCCACAGTTTGCATATGCCTTGATCAGCACACTAAAAGTATAAATGTCAGGTGCAATACCGTCACCTAGCATCAAATCGAAGAGATCTGTCATATCAACTAGACATCCTTTAGTGGCGTACCCGTTGAGCATAATTTTGTAGGAGAAAACATCAGGATTTTGGCCCTTCATTGCCATTGTGTCAAAAACATCTCTAGCTTCCTTGATTTTTCCATACTTGCAAAGGGAACCCATCAACATGTTAAAAGTAACAACATCTGGTAAGATGCTCTGTCTTCTCATTTCTTTAAATACCCTAACTGCCTCCTTCCACTGTCCTGTGGAGGAGTATCCATATATCAAGTTATTATATGTCCAGTTATTTGGCAGACACTTTATTGACATTTGTCGAAGAAAGCCTCTGCTGTCCATTGCTCTGCTTACCAGGCATGATCACAGAGCTATAGTCAACAAATCAGTGATACCCGGCTGTACATTTCTTTGAATAGATCCAATGCTTATTACGTTCACCTCCTTAGAGCGTCGATTACGTATGTAGCACCACGTTCGGGAACGAACGTTCCCCACG
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liug268

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 追邃2015 at 2014-06-12 20:50:43
我做的不是玉米是火鹤,可能我设计的是兼并引物,所以测序结果里没有,我用的是菌液测序,求助啊,,,,,,...

那就是结果发错人了吧,跟玉米相似度如此之高。
建议跟测序公司询问一下。当然还有可能你们的PCR产物污染了
7楼2014-06-12 22:38:20
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liug268

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
追邃2015(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-06-12 18:52:47
楼主是做玉米的吗?
首先在你的序列里找不到上下游引物的序列。你如果是用PCR扩增的产物测序的那就不会在测得的序列中找到引物序列。
然后,我用你的序列到NCBI里面BLAST了一下,发现跟玉米的PPR-814c mRNA基因cDNA很像。
2楼2014-06-12 14:31:50
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sometimess

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
怎么在序列里面没有找到该载体的克隆位点、
3楼2014-06-12 14:51:50
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追邃2015

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by sometimess at 2014-06-12 14:51:50
怎么在序列里面没有找到该载体的克隆位点、

我也不清楚,这就是他给我发的测序结果
4楼2014-06-12 20:47:52
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