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fengzheng770

铜虫 (初入文坛)

[求助] 关于转化、菌落PCR

大家好,有个问题向大家求助。
最近做实验遇到的问题:将某基因和真核表达载体连接,然后转化DH5α,涂含合适抗生素的培养皿,第二天长出一些菌落,挑单菌落划板,同时菌落PCR(用的之前扩增基因的上下游引物),挑选菌落PCR阳性的克隆,接种到含有合适的抗生素的LB中摇菌过夜,第二天,菌液浑浊,然后提质粒,双酶切鉴定,竟然没有条带,用提出的质粒电泳,也没有任何条带。如果是假阳性的话(引物用扩增基因的引物容易假阳性),为什么在含有抗生素的LB培养基中摇菌能长出很多菌来?如果是真阳性克隆,为什么又没有质粒?而且确定双酶切用的酶是没有问题的。
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misshome

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
amisking(金币+4, MolEPI+1): 鼓励积极应助! 2011-11-07 20:07:09
fengzheng770(金币+2): 2011-11-16 15:03:23
1.确定PCR的体系没有问题,阴性对照没有条带,过程中无污染。
PCR鉴定的准确性不是很高。
2.至于在抗生素的培养基上能长,可能污染了有杂菌,换个感受态;
也有可能抗生素失效了,一般这个可能比较小。
做开心快乐阳光的自己
2楼2011-11-07 19:27:18
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jingdejun

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

fengzheng770(金币+2): 2011-11-16 15:03:31
我也遇到过这种情况。
最大的可能就是你转化后涂布培养的时间过长,长出来的菌几乎都是假阳性(卫星菌落)。
平板37度培养时,抗生素(以氨苄为例)只能保持效力16小时左右。培养时间超过这个时间,以后长出来的菌就不能算数了。
转化的效率本身就比较低的,涂一次板能长出5、6个就不错了。培养时间够长了要是还没出现菌落的话,就果断重新转化吧。

最后祝实验顺利。
3楼2011-11-07 20:21:25
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wjswj

木虫 (正式写手)

小木虫领金币专业户

【答案】应助回帖

fengzheng770(金币+1): 2011-11-16 15:03:34
转化过程对照要做好,不然真的不确定长出来的是神马。
PCR的对照也要带上,提出的质粒做模板再做次PCR试试,有可能提取过程中丢了导致量很少也说不定,质粒也电泳检测一下再做酶切,带上对照。
金币是赌出来的
4楼2011-11-08 10:14:25
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liaotiantian

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


西瓜(金币+1): 这个挺正常的,假阳性嘛……………… 2011-11-09 12:16:16
我最近也遇到的同样的问题,挑单菌落PCR阳性的转化子,提质粒酶切就是啥也没有,上样的时候用质粒做对照质粒是有的,大小也差不多,连着做了两次连接转化结果都一样。真是不知道咋回事了
5楼2011-11-08 22:16:44
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樱花有泪

银虫 (小有名气)

我最近试验也遇到类似的问题:PCR用的KOD酶扩增的,胶回收后再加A,并且电泳显示仍有很强的亮度。做TA克隆,每板能长出20个左右的克隆,做蓝白筛选,白斑10个以下,菌P全无条带。
6楼2012-09-24 20:02:32
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xjtu0025

新虫 (小有名气)

我觉得只有酶切实在是不合适鉴定的时候才需要用菌落PCR吧.最好也是用质粒的引物,这样防止假阳性.

我载体6000bp,目的片段300bp,拿10ug质粒切啊,能浅浅的看到一小条带就很开心了..所以采用菌落PCR法,省时间省试剂盒省酶..反正最后都要测序的..测序才准吧..
7楼2013-05-24 19:16:41
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冰风颤木

金虫 (正式写手)

我的一般是长的菌落很少 你这个长的挺动的啊
船到桥头自然直
8楼2013-06-12 17:12:09
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咯喵咯喵

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 樱花有泪 at 2012-09-24 20:02:32
我最近试验也遇到类似的问题:PCR用的KOD酶扩增的,胶回收后再加A,并且电泳显示仍有很强的亮度。做TA克隆,每板能长出20个左右的克隆,做蓝白筛选,白斑10个以下,菌P全无条带。

我也是啊,不知您解决了没有?
9楼2015-04-19 21:47:33
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