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成功源于想像

铜虫 (小有名气)

[求助] 粘性末端连接时长问题 已有5人参与

小弟最近在做载体构建,情况如下:
1)载体pGL3,MluI/BglII两酶切,大小为4818bp;
2)片段:BssHII/BamHI双酶切,大小为4923bp;
3)连接摩尔比为:载体/片段=1/4;
4)T4连接10分钟(25度)。

结果:挑了六个克隆全为假阳性。
想请教的问题如下:
1)如果连接成功,片段大小近10K,这么大的片段转化(热激法)是不是有难度?
2)一般来说热激法42度多少秒比较合适?
3)载体和片段都是粘性末端,所以按照说明书操作,T4连接仅用了10分钟(25度),时间是不是短了?
4)这个摩尔比是否合适?
5)挑克隆时按如下操作不知可否:挑克隆于10ul蒸馏水中,混匀取1ul做PCR模板,PCR结果若为阳性,把剩下的9ul用于扩培,不知道这个菌落置于蒸馏水中能存活多长时间?

目前自己想尝试以下两个方法:
1)继续挑克隆,说不定能挑到阳性的。
2)16度连接过夜试试。
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DAX1

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-05-19 08:28:46
1)如果连接成功,片段大小近10K,这么大的片段转化(热激法)是不是有难度?
应该没有任何问题。
2)一般来说热激法42度多少秒比较合适?
50-90s应该都可以,我都试过
3)载体和片段都是粘性末端,所以按照说明书操作,T4连接仅用了10分钟(25度),时间是不是短了?
没链接过10分钟的, 我一般室温放置一个小时
4)这个摩尔比是否合适?
记得好像是1:1到1:3之间都可以
5)挑克隆时按如下操作不知可否:挑克隆于10ul蒸馏水中,混匀取1ul做PCR模板,PCR结果若为阳性,把剩下的9ul用于扩培,不知道这个菌落置于蒸馏水中能存活多长时间?
我一般都是挑个克隆,在一个新板子上划个线,然后将挑克隆的牙签或者枪头放到pcr反应里面搅拌一下就可以。

如果你有那么多的假阳性,是否考虑载体酶切不完全,一般粘端没那么多假阳性的。或者你可以将酶切的载体去磷处理下,基本上不会出现自连情况的
2楼2014-05-19 03:03:01
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meng_xu

铜虫 (小有名气)

★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-05-24 17:54:57
1. 没有问题,20k的我也转过
2. 个人一般做60s
3. 我一般做连接是22度30分钟,20ul体系,1ul NEB T4(低浓度的),最近做的几个4+6kb的连接,都没有问题,如果你用的是超高浓度的,10分钟应该够了
4. 这个比例其实很让人纠结,反正我一般都是V:I=1:3吧
5. 可以在平板上标记记号,回头去平板拿不是很方便?另外,取菌落也不用全取,点一点点儿就够了啊
9楼2014-05-23 06:16:10
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普通回帖

li569626694

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
成功源于想像(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-05-22 19:27:41
1、以前做过克隆,酶切之后忘记做纯化处理,不知道你做了没有。
2、酶切片段用碱性磷酸酶处理一下,这样就不会有自连的。
3、片段/载体=1.0-1.3合适
4、室温连接过夜
5、菌落保存在甘油里面,然后放-80℃可以保存很长时间
6、你可以直接将菌落扩增以后,再用酶切,跑电泳就可以了
3楼2014-05-19 21:40:04
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鬼羽帝魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
成功源于想像(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-05-22 19:27:50
载体pGL3,MluI/BglII两酶切
片段:BssHII/BamHI双酶切
两个的酶用的都不一样    能做出来?
4楼2014-05-20 11:47:28
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成功源于想像

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 鬼羽帝魂 at 2014-05-20 11:47:28
载体pGL3,MluI/BglII两酶切
片段:BssHII/BamHI双酶切
两个的酶用的都不一样    能做出来?

同尾酶~
5楼2014-05-22 12:32:07
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鬼羽帝魂

木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 成功源于想像 at 2014-05-22 12:32:07
同尾酶~...

哦哦,想到了,不过没有去验证。谢谢。

[ 发自小木虫客户端 ]
6楼2014-05-22 12:44:11
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mehongyu

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

亲,我们一般没你这么长的片段都要过夜连接的,另外我想知道你买的T4是哪个公司的。
7楼2014-05-22 14:05:22
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notebox

新虫 (小有名气)

gyesang: 屏蔽内容, 请认真回答楼主问题,勿灌水! 2014-05-25 23:00:20
本帖内容被屏蔽

8楼2014-05-22 16:11:05
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成功源于想像

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by mehongyu at 2014-05-22 14:05:22
亲,我们一般没你这么长的片段都要过夜连接的,另外我想知道你买的T4是哪个公司的。

买的宝生物的,我挑到阳性克隆了,只挑到了一个,一百个里面挑到的!

[ 发自小木虫客户端 ]
10楼2014-05-24 00:21:10
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