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小猫三两只

金虫 (正式写手)

[交流] 酶切后的补平连接 已有4人参与

我正在构一个长片段的载体,3500的基因往6100的载体上连。
但载体上对应基因的酶切位点很少,用MBI的快速酶切载体和基因,基因的上游只能用平末端酶,构载体时上游没有合适的酶切位点,只能用一个普通的酶切割后,再用补平酶将其末端补平,然后再进行第二次酶切,下游的酶切位点是粘性末端,双酶切产物纯化后连接。
我现在遇到的问题是载体经过第一次单切,末端补平,第二次单切纯化后与基因相连(基因是这两个酶同时切,上游平下游粘),但就是连不上。MBI的说明书上说快速酶,补平酶的buffer可以通用,效率都可达到100%,因此在第一次单切后补平时就没有纯化,直接在里面加上补平酶,反应结束后,再加一些第二次单切的酶,最后再纯化。
我想问一下,在这个一次单切,补平,二次单切的过程中是不是有什么需要注意的事项,我现在怀疑我的载体要么有一个酶没有切开,要么就是补平不完全,导致与基因的双酶切产物连不上。
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Haibara_Ai

铜虫 (小有名气)


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没事做啥平末端连接,还是这么大的片段,本来成功率就低。
现在构建方法这么多
CPEC golden gate   gibson assembly选一个合适的好了
2楼2013-03-13 01:42:20
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
感觉你的做法很累,直接用单酶切连到载体里后再筛一下正反,或者两边都用平端连。
3楼2013-03-13 04:06:32
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liyu0355

木虫 (正式写手)


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NovoRec®PCR一步定向克隆试剂盒

我用这个构建表达载体,特别好用,不管粘性末端还是平头末端.很方便的连接,你可以试试.
4楼2013-03-13 08:32:04
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小猫三两只

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Haibara_Ai at 2013-03-13 01:42:20
没事做啥平末端连接,还是这么大的片段,本来成功率就低。
现在构建方法这么多
CPEC golden gate   gibson assembly选一个合适的好了

CPEC方法也试过,做了很多次,都没连上,平末端我也不想啊,但没有合适的酶切位点,只能至少一个用平末端
5楼2013-03-13 10:20:20
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小猫三两只

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-03-13 04:06:32
感觉你的做法很累,直接用单酶切连到载体里后再筛一下正反,或者两边都用平端连。

这样会好连?平末端不是比粘性末端更难连,而且载体还容易自连。
6楼2013-03-13 10:21:15
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)


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引用回帖:
6楼: Originally posted by 小猫三两只 at 2013-03-13 10:21:15
这样会好连?平末端不是比粘性末端更难连,而且载体还容易自连。...

连平末端载体要做去磷酸化,对PCR的产物进行磷酸化,然后16°C连过夜就可以了。
7楼2013-03-13 10:27:18
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小猫三两只

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by liyu0355 at 2013-03-13 08:32:04
NovoRec®PCR一步定向克隆试剂盒

我用这个构建表达载体,特别好用,不管粘性末端还是平头末端.很方便的连接,你可以试试.

这个应该就是不需酶切连接的构载体的方法吧,我以前试过别的公司的,你这个大概需要多少钱,多少次的?
8楼2013-03-13 10:59:31
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Haibara_Ai

铜虫 (小有名气)


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平末端连接有个用ccdB selection的,可以去掉载体的背景,我没用过(从没遇到需要这么连的。)
似乎是TOPO cloning啥的(似乎大小片段也不一样),有些人说好用
9楼2013-03-13 11:21:16
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574759350

铁虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
您好,看到你的帖子,我现在做的正好和你做的是相似的,请教一下你的问题现在解决了没有,有没有筛选到阳性克隆?
10楼2013-10-08 16:00:47
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