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maxwell1988

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】关于酶切产物连接的一点问题已有5人参与

最近在做重组基因的连接,但是连了好几次就是连不上。具体是这样的,希望高手帮忙答疑解惑下:
基因(~0.5kb)是单酶切,载体(~5kb)是双酶切,20μl体系,基因载体按摩尔比算的体积比:
基因     2μl
载体     9μl
buffer       2μl  
PDG         2μl   
T4连接酶 5μl
22℃,16h。
之后就是常规的转化了,菌落PCR,单酶切鉴定后发现条带的大小不对,宣告连接失败。
要命的是做了好几次,甚至有次还做了基因载体比例的梯度连接实验,结果还是以失败告终。我想知道问题可能出在了什么地方,有什么地方可以改进的,望各位大侠们不比吝赐教!!!
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zhwenxing

木虫 (著名写手)

尛森蟲

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lstt09nk(金币+5):全面,细心 2010-11-19 10:44:48
1、连接片段和载体的比例,不是按照ul来计算,是数量比,mol数!!!

2、500bp的片段连接载体是不成问题的。关键在于:切出来的末端是否和载体的缺刻正好相对?

3、不知道你的切点是平末端还是粘末端?前者是否需要脱磷处理,以提高连接效率?

4、不知用的是哪个公司的产品,检查是否过期等。连接酶5uL???这是带buffer吗?如果不是,是不是浓度太高了?甘油就能够完全抑制活性了。

5、22℃连接16h是否太长了?我经常用到的是4℃,2天;   16℃,30-50min;  22℃,2-5h……

6、建议按照说明书来做,做前仔细计算好体系,到底加多少!酶切的产物是否纯化了?纯化后溶解液是什么?是否检测浓度了?酶切后的载体是否存在自连??

多数以反问的形式回答楼主,希望能有帮助。
2楼2010-11-19 10:23:35
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skkyy88888

铜虫 (著名写手)


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基因(~0.5kb)是单酶切,载体(~5kb)是双酶切???

这个怎么连呢?先把酶切位点搞清楚再做吧。
3楼2010-11-19 12:11:46
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zgb1982

木虫 (正式写手)


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首先,LZ说了是按mol数换算的体积,2楼没看清楚就说人家啊。
其他的倒都是问题,LZ考虑下吧,你都没说清楚
4楼2010-11-19 13:22:15
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zhwenxing

木虫 (著名写手)

尛森蟲


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Originally posted by zgb1982 at 2010-11-19 13:22:15:
首先,LZ说了是按mol数换算的体积,2楼没看清楚就说人家啊。
其他的倒都是问题,LZ考虑下吧,你都没说清楚

哦,偶买噶。sorry,的确没看清最后一句。谢谢提醒。觉得这个反应体系不太对头,混合后缓冲液的成分就有些不太对头的感觉。
5楼2010-11-19 17:51:02
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maxwell1988

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by skkyy88888 at 2010-11-19 12:11:46:
基因(~0.5kb)是单酶切,载体(~5kb)是双酶切???

这个怎么连呢?先把酶切位点搞清楚再做吧。

额。。。用的是一种改造后的载体,载体是要双酶切,而基因是单酶切,为了防止载体自身环化,所以酶切后有一端是平末端,不过还是谢谢你的解答!
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6楼2010-11-20 21:50:42
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maxwell1988

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by zgb1982 at 2010-11-19 13:22:15:
首先,LZ说了是按mol数换算的体积,2楼没看清楚就说人家啊。
其他的倒都是问题,LZ考虑下吧,你都没说清楚

谢谢解答,连接后转化,平板上长菌了,但是做了菌落PCR,单酶切后发现载体大小不对,这点让我比较郁闷,这种载体在设计时已经避免了载体自连了,那为什么平板上会有菌长出呢?
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7楼2010-11-20 21:53:46
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maxwell1988

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by zhwenxing at 2010-11-19 10:23:35:
1、连接片段和载体的比例,不是按照ul来计算,是数量比,mol数!!!

2、500bp的片段连接载体是不成问题的。关键在于:切出来的末端是否和载体的缺刻正好相对?

3、不知道你的切点是平末端还是粘末端?前者 ...

谢谢了,您说的问题之前我大都做了分析了,酶没问题,因为实验室其他人用同样的体系连上了。。。
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8楼2010-11-20 21:56:43
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yzuxhq368

金虫 (小有名气)


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不知你酶切完了是切胶回收的还是纯化回收。前者连接效率低,后者有质粒切不完全,会有假阳性。可分几管分别酶切,然后合并回收。
9楼2010-11-20 23:01:11
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skkyy88888

铜虫 (著名写手)


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引用回帖:
Originally posted by maxwell1988 at 2010-11-20 21:50:42:

额。。。用的是一种改造后的载体,载体是要双酶切,而基因是单酶切,为了防止载体自身环化,所以酶切后有一端是平末端,不过还是谢谢你的解答!

怪不得你连不上了,载体一端是平末端,但你的基因都是粘性末端,不可能连上的。你应该都是单酶切后,载体做去磷酸化处理来避免载体自连。
10楼2010-11-21 08:43:42
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