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Marker条带问题及引物二聚体 已有1人参与
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 急急急！！各位亲，求帮帮忙，马上要做QPCR了，可现在用普通PCR验证为QPCR设计的引物现在都是出了问题，怎么办呢！！！！！ 1，天根DL2000 Marke为2000bp，如图可看到Marker上面三条带有弯曲，而且弥散厉害，是什么原因呢？。 2，设计的引物，貌似都有二聚体？还是发卡结构？分别用下面八对引物跑的鱼的肝和脂肪组织（图3，肝跑出来，脂肪组织织没跑出来）。 3，这引起引物目的基因的片段都是，101-138之间的，但在，1，3，5跑道有大于远目的基因的片段，为什么？ 4，有会oligo软件或NCBI在线BLAST的，能否帮比对下是不是引物的问题。 C1F GGCAACAGCATCCATTCATT 20 2 HAP C1R TGCGTGTGGTGTTGAATATCC 21 2 HAP C2F TCCTAGATGACCCTTCACCTC 21 2 HAP C2R CCAAAGAGCGTTTATTGACCC 21 2 HAP C3F GCCATTCATTCTATCATGCTG 21 2 HAP C3R TCGTGTTGAACATACGCTCGT 21 2 HAP C4F AAGGGACGTTACTTCAAGGTG 21 2 HAP C4R TCCGACTTGTCTGCCAAGAT 20 2 HAP H1F CTGGATGTCCATTTCTGGAA 20 2 HAP H1R AAGGTCAAAGGTCGCAGGA 19 2 HAP H2F TCCACCATCAGCGCACAT 18 2 HAP H2R AGCCCCAGGGAAAGAGAGATA 21 2 HAP ATaF GGAATCTCTCTCACCCGAGTT 21 2 HAP ATaR AATGATGCCACAGTACACTGG 21 2 HAP ATbF CCGAGTTACAGACGGAGAAAA 21 2 HAP ATbR TGATGCCACAGTACACTGGGA 21 2 HAP  3.jpg |
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cicelyzh
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【答案】应助回帖
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你用的cDNA为模板P的？有大片段可能是gDNA没消化干净，而且引物跨内含子。 这里有个网络版的引物分析，你自己检查一下情况。 http://www.idtdna.com/analyzer/Applications/OligoAnalyzer/ |
3楼2013-12-08 16:52:40
4楼2013-12-09 16:16:20
