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摩都520

铜虫 (小有名气)

[求助] Marker条带问题及引物二聚体 已有1人参与


急急急!!各位亲,求帮帮忙,马上要做QPCR了,可现在用普通PCR验证为QPCR设计的引物现在都是出了问题,怎么办呢!!!!!
1,天根DL2000 Marke为2000bp,如图可看到Marker上面三条带有弯曲,而且弥散厉害,是什么原因呢?。
2,设计的引物,貌似都有二聚体?还是发卡结构?分别用下面八对引物跑的鱼的肝和脂肪组织(图3,肝跑出来,脂肪组织织没跑出来)。
3,这引起引物目的基因的片段都是,101-138之间的,但在,1,3,5跑道有大于远目的基因的片段,为什么?
4,有会oligo软件或NCBI在线BLAST的,能否帮比对下是不是引物的问题。




C1F        GGCAACAGCATCCATTCATT        20        2                HAP
C1R        TGCGTGTGGTGTTGAATATCC        21        2                HAP
C2F        TCCTAGATGACCCTTCACCTC        21        2                HAP
C2R        CCAAAGAGCGTTTATTGACCC        21        2                HAP
C3F        GCCATTCATTCTATCATGCTG        21        2                HAP
C3R        TCGTGTTGAACATACGCTCGT        21        2                HAP
C4F        AAGGGACGTTACTTCAAGGTG        21        2                HAP
C4R        TCCGACTTGTCTGCCAAGAT        20        2                HAP
H1F        CTGGATGTCCATTTCTGGAA        20        2                HAP
H1R        AAGGTCAAAGGTCGCAGGA        19        2                HAP
H2F         TCCACCATCAGCGCACAT         18        2                HAP
H2R        AGCCCCAGGGAAAGAGAGATA        21        2                HAP
ATaF         GGAATCTCTCTCACCCGAGTT        21        2        HAP
ATaR        AATGATGCCACAGTACACTGG        21        2      HAP
ATbF         CCGAGTTACAGACGGAGAAAA        21        2        HAP
ATbR        TGATGCCACAGTACACTGGGA        21        2        HAP
Marker条带问题及引物二聚体
3.jpg
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只做一件事,做绝
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摩都520

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-12-08 16:52:40
你用的cDNA为模板P的?有大片段可能是gDNA没消化干净,而且引物跨内含子。
这里有个网络版的引物分析,你自己检查一下情况。
http://www.idtdna.com/analyzer/Applications/OligoAnalyzer/

谢谢,用takala去DNA试剂盒再反转的,我的引物是跨外显子设计的(引物用跨外显子actin跑,均只跑出二聚体)。
1,共有两个预测亚型,然后6个外显子,我用的有第二个外显子和第三个外显子,第四和第五个外显子。
2,知部分序列,共有10个外显子,本引物设计采用第三和第四个外显子来设计。第二对引物以第四个和第五个外显子来设计。
3,共有9个外显子,我测序与相近物种,第二和第三个外显子相似度高,用来设计。
4,网张引物分析好像用不了,老师你是用过吗?
只做一件事,做绝
5楼2013-12-09 17:20:22
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lm2570

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-12-08 17:36:41
1、胶没配好,可能缓冲液有问题,且MARKER上样量太大。
2、有引物二聚体,但不影响。
3、泳道1,3,5有大于远目的基因的片段是非特异片断
2楼2013-12-08 16:28:17
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-12-08 17:36:52
你用的cDNA为模板P的?有大片段可能是gDNA没消化干净,而且引物跨内含子。
这里有个网络版的引物分析,你自己检查一下情况。
http://www.idtdna.com/analyzer/Applications/OligoAnalyzer/
3楼2013-12-08 16:52:40
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摩都520

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lm2570 at 2013-12-08 16:28:17
1、胶没配好,可能缓冲液有问题,且MARKER上样量太大。
2、有引物二聚体,但不影响。
3、泳道1,3,5有大于远目的基因的片段是非特异片断

你好,
1,我是用来验证引物的,现在一验证就有二聚体,您说的二聚体没影响,是指用来跑QPCR没影响吗
2,两组织模板都是200ng左右的,上样量为7ul,0.8%的胶。
3,a2f        TCTGATAAAGCTTCGGGCTTC        21
    a2r         ATTTTGCAGTTCCGCTCACA                20
由于这对引物的模板基因我克隆了全长,知道的它的表达丰度比较大,现在做的效果,这对完全ok.也是120左右目的片段无非特异,无二聚体
只做一件事,做绝
4楼2013-12-09 16:16:20
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