应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » PCR引物问题
121/2返回列表12下一页
查看: 1222  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

左九年

新虫 (初入文坛)

[求助] PCR引物问题

求大神帮忙看一下我设计的这对引物可以用吗？
正向CTAAGCCCCGTA    Tm 39.22    GC含量  58.33％
反向CGTGTCGCCTGC    Tm48.86     GC含量75％

个人担心问题是：一 引物长度12bp，是不是比较短啊？
                           二 两个引物Tm值相差是不是比较大？
                           三 反向引物GC含量是不是有点高啊？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-05-27 09:52:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖置顶 ( 共有1个 )

wulj513

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
左九年(gyesang代发): 金币+2, 鼓励回帖应助！ 2013-05-29 02:01:30
gyesang: 回帖置顶 2013-05-29 02:01:34
左九年: 金币+1, ★★★很有帮助 2013-05-29 19:35:15
你这一对引物不是很好。引物一般是18-27个碱基，常用20个碱基；然后就是你的正向引物退火温度太低，一般在45-60度最好；你的上下游引物的Tm值相差比较大，最好相近；你的反向引物GC含量太大了，一般在45%-55%；此外，引物不应有发夹结构，即不能有4bp以上的回文序列；两引物间不应有大于4pb以上的互补序列或同源序列，在3’端不应有任何互补碱基。
赞一下(1人) 回复此楼
有所弃才有所为，有所为才有所不为！
11楼2013-05-28 22:49:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

kx444555

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
左九年(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助！ 2013-05-29 02:00:56
你自己分析的结果都是正确的，关键引物长度太短，建议长一点，TM值相差有点大，会影响扩增，理论上不相差两度
赞一下 回复此楼
星陈代谢
2楼2013-05-27 10:29:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

左九年

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by kx444555 at 2013-05-27 10:29:52
你自己分析的结果都是正确的，关键引物长度太短，建议长一点，TM值相差有点大，会影响扩增，理论上不相差两度

我那个其实设计的是简并引物，只能找到四个相同且连续的氨基酸。引物长度实在不知道怎么加长了，就这个长度能扩增出来条带吗（不管结果是否单一）？
还有为了增加正向的退火温度，是不是可以在5端加几个A啊？如果正向的增加了几个A，反向的用不用增加几个改变一下长度啊？
赞一下 回复此楼
3楼2013-05-27 10:54:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kx444555

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

1 如果模板量较多，扩增应该没有问题 ；
2 可以的，也不要全加A，AGTC混合在一起就行
赞一下 回复此楼
星陈代谢
4楼2013-05-27 11:33:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whb21

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
楼主分析的有道理，建议你重新设计一下引物
赞一下 回复此楼
5楼2013-05-27 13:28:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangweijian

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
左九年(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助！ 2013-05-29 02:01:11
这对引物好像都不符合引物设计原则
赞一下 回复此楼
6楼2013-05-27 15:48:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dcb005

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
谁设计的引物这么短，一般在20bp
赞一下 回复此楼
★穷则独善其身,达则兼济天下★
7楼2013-05-27 17:21:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

西瓜

荣誉版主 (知名作家)
普通PCR引物一般在18bp以上，还是重新设计吧。
赞一下 回复此楼
8楼2013-05-27 17:47:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

protura

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引物确实比较短，但引物的好坏最终都要通过PCR来验证的。而且，楼主似乎对产物特异性也要求的不太高，可以一试。
赞一下 回复此楼
9楼2013-05-28 08:31:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

左九年

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by protura at 2013-05-28 08:31:42
引物确实比较短，但引物的好坏最终都要通过PCR来验证的。而且，楼主似乎对产物特异性也要求的不太高，可以一试。

我这么着扩增出来条带，哪怕有很多条带，总比我建文库筛选要来的简单的多吧，我先试试吧。
赞一下 回复此楼
10楼2013-05-28 08:47:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 左九年 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭