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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 关于pcr引物设计的问题
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萨鲁曼

铁虫 (初入文坛)

[求助] 关于pcr引物设计的问题

老师让我设计PCR的引物，老师让我利用《T-DNA Primer Design 》这个网站或是Primer PREMIER 5设计.想问一下这两个设计出来的有什么区别吗？我的材料是杨树cDNA，有什么需要特别注意的吗？
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赶紧毕业！
1楼2012-08-20 18:16:00
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
萨鲁曼: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-08-26 09:13:53
具体区别可能要看相关文献了吧。
一般引物设计考虑退火温度啥的。
具体哪个好，还要看实验结果了，生物信息软件只是提供一个方向，或者说是一个假设，需要实验来验证的
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2楼2012-08-21 05:18:51
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
T-DNA   http://signal.salk.edu/tdnaprimers.2.html
Premier   http://www.ibioo.com/soft/biosoft/2009/7310.html

[ Last edited by wizardfan on 2012-8-21 at 05:23 ]
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3楼2012-08-21 05:21:06
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real-gold

银虫 (小有名气)
T-DNA   这网站怎么使用？
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4楼2012-08-21 15:07:29
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荒原苦行僧

铜虫 (小有名气)
★ ★
yqbter: 金币+2, 鼓励发帖！ 2012-08-22 20:09:34
我也不知道区别大不大，以前做毕业设计的时候用过Primer PREMIER 5，我记得设计引物的时候需要知道你的目的基因的片段，能得到很多对引物，但大多数都是不能用，软件本身可以帮你排除一部分，剩下的只能你自己去分析或者做实验。我们那会引物都是买来直接用的，设计的过程就是走个过场……
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5楼2012-08-21 17:33:53
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bioleo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你要先了解下引物设计原理，很好找的，就那几点。
然后可以用2种方法都设计下，再根据原理比较下，最后还可以上NCBI进一步比对特异性。
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6楼2012-08-22 14:02:33
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sayfxxk2u

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不管用oligo，primer premier 5设计的，还是网页的，设计出的引物都是差不太多的，主要就是软件本身计算不同的，主要还是根据目的基因来设计，退火温度，二聚体啥的，一般遵照设计原则的，设计出来的都是可以的，特异性也蛮高的，实验中可以再调整退火的温度，之类的。
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7楼2012-08-23 15:37:45
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