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浅笑包包

新虫 (小有名气)

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[求助] PCR的引物问题

为什么有的PCR体系需要三个引物，不是只需要上游引物和下游引物尽可以了吗？
例如一篇文献中提到：
蛔虫抗菌肽基因的设计与合成: 根据目的基因序列及原核表达载体pMD-18T 和pET 30a ( + ) 的图谱, 利用软件Pr imer5. 0 辅助设计引物加入酶切位点。
F1 : 5c-CGGAAT T CAT GTCCTGGCT GTCTAAAACT GCT AAGAAAC-3c( 划线处为EcoR Ⅰ 酶标位点) ; F2 : 5c-AAACT GCTA AGAAA CT GGAAAACTCTGCT AAGAAA CGT ATCT CT GAAGGT ATCGCTAT C-3c; F3 : 5c-GT CAAGCT TT CATTAACGCGGACCGCCCTGGATAGCGATAGCGAT ACCTT C-3c( 划线处为Hind Ⅲ酶切位点) 。
请问引物F1、F2与F3分别是指什么引物？

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Be the change you want to see in the world.

1楼 2013-03-25 15:26:53

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skywards

木虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

是不是在下游实验中做双酶切实验

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2楼2013-03-25 16:15:01

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niil

金虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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浅笑包包: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-03-25 18:58:39
gyesang: 金币+2, 犀利！还有一个原因，有没有可能是一条长引物分成的两片段合成的，毕竟长片段合成比较贵？ 2013-04-27 13:57:31

你看F1和F2引物有重叠：F1的3端和F2引物的5端的15个碱基是重叠的。他们共同作为上游引物。
F3作为下游引物。
这样做的好处是增加了反应的特异性，提高了扩增的成功率。
如果只有一个上游引物，然后加上酶切位点的话，可能扩增不出目标片段来。F2是为了提高特异性，在此基础上利用F1加上酶切位点EcoR I。
使用三条引物，也是变相的巢式PCR。

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Stop fighting,let it flow.

3楼2013-03-25 16:41:17

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