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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » real-time引物设计问题，关于保守取，内含子
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fanwq258

木虫 (正式写手)

[求助] real-time引物设计问题，关于保守取，内含子

real-time引物设计问题，怎么弄么？说的是要在保守区设计，但是保守取是那部分呢？怎么找？还有就是要跨内含子……怎么知道哪儿有内含子啊
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要么好好活，要么死，拒绝半死不活
1楼 2013-03-30 11:33:05
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意孤城_

金虫 (正式写手)
★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖应助！ 2013-05-03 17:59:28
引用回帖:
9楼: Originally posted by fanwq258 at 2013-04-02 10:47:01
那一段cDNA中有跨好多个内含子，怎么取舍呢？...

我没看懂你什么意思。有的基因的转录本有差异就会有好几种不同的外显子构型（比如有的是包含10个外显子，有的却是包含8个外显子）那么最好选择共有那部分外显子上设计引物。一段cDNA上肯定包含很多个外显子就必然会有很多个内含子对应在DNA上，这个选哪个影响倒不是很大，如我刚才说的。如果没有合适的跨越外显子连接处的引物可以考虑跨一个大于1000bp以上的内含子（PCR是延伸时间比较短，这样即使有DNA污染，结合到DNA上由于延伸时间问题也不会出现杂带）
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10楼2013-04-02 20:36:24
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chnfhjxl

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 应助指数+1, 赠人玫瑰手有余香。鼓励应助 2013-04-01 22:38:51
fanwq258: 金币+10, ★有帮助 2013-04-02 09:44:51
gyesang: 回帖置顶 2013-04-26 21:25:29
NCBI上每个核酸序列信息的旁边有个Pick Primer 点进去，把你自己设计好的引物输进去，然后看看结果是不是跨内含子的。不过要求的跨内含子是针对RNA表达量检测的。如果是检测菌的数量等DNA水平的话，就不需要了。至于所谓的保守，我就不清楚了，你的试验目的不同，real time 的引物要求也不同的。不要死扣那些引物设计规则。祝你好运吧
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2楼2013-03-30 12:05:01
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fanwq258

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chnfhjxl at 2013-03-30 12:05:01
NCBI上每个核酸序列信息的旁边有个Pick Primer 点进去，把你自己设计好的引物输进去，然后看看结果是不是跨内含子的。不过要求的跨内含子是针对RNA表达量检测的。如果是检测菌的数量等DNA水平的话，就不需要了。至于 ...

NCBI上看不到跨内含子啊？怎么弄
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要么好好活，要么死，拒绝半死不活
3楼2013-03-30 21:55:44
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stt19890101

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不用考虑吧  我们设计的时候就没有考虑过。你说的跨内含子具体是什么意思呢
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4楼2013-03-31 09:54:37
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