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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » real-time引物设计问题，关于保守取，内含子
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fanwq258

木虫 (正式写手)

[求助] real-time引物设计问题，关于保守取，内含子

real-time引物设计问题，怎么弄么？说的是要在保守区设计，但是保守取是那部分呢？怎么找？还有就是要跨内含子……怎么知道哪儿有内含子啊
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要么好好活，要么死，拒绝半死不活
1楼 2013-03-30 11:33:05
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stt19890101

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不用考虑吧  我们设计的时候就没有考虑过。你说的跨内含子具体是什么意思呢
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4楼2013-03-31 09:54:37
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chnfhjxl

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 应助指数+1, 赠人玫瑰手有余香。鼓励应助 2013-04-01 22:38:51
fanwq258: 金币+10, ★有帮助 2013-04-02 09:44:51
gyesang: 回帖置顶 2013-04-26 21:25:29
NCBI上每个核酸序列信息的旁边有个Pick Primer 点进去，把你自己设计好的引物输进去，然后看看结果是不是跨内含子的。不过要求的跨内含子是针对RNA表达量检测的。如果是检测菌的数量等DNA水平的话，就不需要了。至于所谓的保守，我就不清楚了，你的试验目的不同，real time 的引物要求也不同的。不要死扣那些引物设计规则。祝你好运吧
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2楼2013-03-30 12:05:01
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fanwq258

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chnfhjxl at 2013-03-30 12:05:01
NCBI上每个核酸序列信息的旁边有个Pick Primer 点进去，把你自己设计好的引物输进去，然后看看结果是不是跨内含子的。不过要求的跨内含子是针对RNA表达量检测的。如果是检测菌的数量等DNA水平的话，就不需要了。至于 ...

NCBI上看不到跨内含子啊？怎么弄
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要么好好活，要么死，拒绝半死不活
3楼2013-03-30 21:55:44
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chnfhjxl

金虫 (初入文坛)
★ ★
gyesang: 回帖置顶 2013-05-31 18:06:59
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖应助！ 2013-05-31 18:07:04
引用回帖:
3楼: Originally posted by fanwq258 at 2013-03-30 21:55:44
NCBI上看不到跨内含子啊？怎么弄...

序列下面有红色的区域，红色的是蛋白质编码区，也就是外显子区域，然后去查查这个基因DNA的信息，就知道是不是跨内含子了。一般在外显子区域内的大多都可以跨内含子了。
其实所谓跨内含子只不过是为了防止你RNA 中含有DNA。其实最简单的办法是在RNA提取后加DNA酶消化过程，或者做一个不反转录直接PCR的对照，如果也P的出来就说明你的荧光定量要用跨内含子的引物了。
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5楼2013-03-31 12:17:22
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