| 查看: 1797 | 回复: 8 | ||||
| 本帖产生 1 个 MolEPI ，点击这里进行查看 | ||||
[求助]
测序结果很奇怪
|
||||
|
我用A和B是同一物种，该物种的基因组数据早就出来了，而且是用A测得的。A和B在我研究的性状上有很大不同。我P了A和B的与这个形状相关的一个相关基因，片段不大，只有590bp，但是奇怪的事出来了，在3‘的(下游引物结合区域内,而且在做PCR的时候A和B用的是统一管引物)端A和B序列有l两个碱基比对不上，而且A和数据库也比对不上，有一个碱基的缺失另外一个碱基的突变。更关键的就是A的序列这个与B比对不上的碱基形成了终止密码子。也就是说和数据库相比终止密码子出现的提前了，也就导致了最后好几个氨基酸的缺失。 请问这是否是由于下游引物有问题呢还是可能是本身的突变?590单向测序可靠不？以前测了很多序列都没出现这样的问题，求高手帮忙 我只做了正向测序，测序是用的PCR产物 [ Last edited by longyh6411 on 2013-2-1 at 18:33 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 【分子生物】EPI帖 |
» 猜你喜欢
不合理蛙科研实验中的趣事：实验器材的 “乌龙”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验中的趣事：和实验材料的 “斗智斗勇”
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有233人回复
-
蛋白质检测：精准分析，解锁生物分子的密码
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之小鼠实验：严谨设计，解析生命机制的重要载体
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之重金属检测：精准筛查，守护健康与环境的防线
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“蛙测重金属我背锅三千”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“鼠逃三次我发三篇SCI”
已经有0人回复
-
纳米粒度分析
已经有3人回复
-
林科院林化所招收材料与化工专业硕士，坐标南京
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 霉菌18SrDNA鉴定，构建发育树的问题
已经有6人回复
- 请教一下，这是否为假阳性克隆的问题，如果是，该如何提高阳性克隆效率？
已经有20人回复
- 构建载体测序，老在引物区段发生相同的错误，模版有突变？
已经有22人回复
- 测序公司是不是搞错啦？？？
已经有7人回复
- T载体连接问题
已经有3人回复
- 用Trinity进行de novo拼装
已经有16人回复
- 原核表达の不可思议的重组
已经有7人回复
- 关于系统进化树构建方法的求助
已经有8人回复
- 质粒转化完 传代后发现变小 再传一代质粒直接消失了
已经有14人回复
- 请教一个关于测序结果的问题
已经有19人回复
- PCR产物经酶切电泳后所得的基因型与测序结果不一致，是何原因？该如何处理？
已经有10人回复
- 跪求高手求助，急急急，细菌提取DNA 问题
已经有5人回复
- 关于酶切鉴定的疑问
已经有15人回复
- 奇怪，下游引物测到了下游序列
已经有4人回复
- 测序的问题
已经有24人回复
- 细菌16s pcr原液测序问题
已经有7人回复
- 原核同时表达两个蛋白，需要自行给其中一个加标签，请教了！！！
已经有4人回复
- DEEG条带测序问题
已经有7人回复
- 【求助/交流】DGGE条带亮点分析
已经有12人回复
- 【求助/交流】3'RACE 结果有问题～～～
已经有8人回复
- 【求助/交流】帮我看一下质粒单双酶切图！
已经有29人回复
- 【求助/交流】DGGE 胶回收后做PCR没有条带是怎么回事？？急！！！
已经有36人回复
chiden
木虫 (正式写手)
- MolEPI: 3
- 应助: 21 (小学生)
- 金币: 4354.8
- 散金: 3
- 红花: 19
- 帖子: 549
- 在线: 141.4小时
- 虫号: 959663
- 注册: 2010-03-03
- 性别: MM
- 专业: 植物病理学
【答案】应助回帖
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+3, MolEPI+1, 鼓励积极发帖帮助解答问题。 2013-02-01 21:13:08
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+3, MolEPI+1, 鼓励积极发帖帮助解答问题。 2013-02-01 21:13:08
|
在此想请问一个问题，楼主在扩增这个相关基因时设计的引物是刚好从起始密码子或终止密码子设计的？ 在我们实验室，一般认为测序结果中前面80-100bp的测序结果是不准确的。不知道楼主那里的测序是不是从第一个碱基到最后一个碱基都保证是准确的？ 遇到这样的问题，应该先去查一查测序结果中的ABI文件中碱基读取峰图。 看楼主上面说的似乎没有查证过。 如果峰型很好，说明测序公司给你的测序结果是准确的。 那么考虑是否真的发生了突变？ 一般来说590bp一个反应足够了 还有要考虑的是PCR扩增的过程中是有一定的几率错配的 希望能帮到楼主吧，知道的也就这么多啦。。。 |
2楼2013-02-01 20:15:50
3楼2013-02-01 21:51:24
4楼2013-02-01 22:03:43
5楼2013-02-01 22:22:29
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
longyh6411: 金币+50, ★★★很有帮助, 我也比较倾向于引物的问题，谢谢大家的解答 2013-02-03 10:39:41
longyh6411: 金币+50, ★★★很有帮助, 我也比较倾向于引物的问题，谢谢大家的解答 2013-02-03 10:39:41
|
你发给引物合成公司的序列是一样的，但是即使是同一管引物也包含了无数的寡核苷酸链分子，合成中不管是哪一种纯化方式都无法保证所有的寡核苷酸分子是完全和你所发的序列是一样的，就是有那么一些分子是有差错的，所以这种不同正巧出现在你的两次PCR中，其实即使是同一次PCR的不同克隆也很有可能会出现这种情况，原因就在于那一管引物粉末中不是所有的引物分子都是完全忠实于你所发的引物序列。 请LZ仔细分析下你的问题会不会是这种情况。如果是这样的话，必须重新设计更下游的引物来得到这一段的真实序列，因为拿这一段来设计引物测序得到的都只能是引物自己的序列。 |
6楼2013-02-01 23:16:25
7楼2013-02-02 10:58:41
匿名
用户注销 (正式写手)
- 应助: 128 (高中生)
- 金币: 4550.4
- 散金: 50
- 红花: 22
- 帖子: 934
- 在线: 645.1小时
- 虫号: 0
- 注册: 2011-10-17
- 性别: GG
- 专业: 植物遗传学
8楼2013-02-02 17:03:25
9楼2013-02-04 11:51:08
