[交流] 测序的问题已有5人参与

» 猜你喜欢

留学--博士招生已经有16人回复
化学工程，本211，求调剂，ab区不限已经有4人回复
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费? 已经有278人回复
湖北师范大学招调剂啦已经有9人回复
邵阳学院食品与化学工程学院硕士调剂已经有0人回复
天津商业大学生物与医药课题组招生已经有0人回复
生物化工学硕招收调剂已经有0人回复
广东石油化工学院2026年硕士研究生需要多名生物，制药工程，食品专业的调剂生已经有0人回复
317分一志愿江南大学化学工程学硕求调剂已经有6人回复
化工申博已经有3人回复

1楼 2011-07-06 13:37:29

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

MolEPI: 58
应助: 388 (硕士)
贵宾: 0.238
金币: 17138.7
红花: 43
帖子: 2251
在线: 712.4小时
虫号: 111074
注册: 2005-11-20
专业: 生物化学

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
1949stone(金币+1): 叠峰最闹心 2011-07-06 14:14:06

测出来是你要的话不用的，测一次就够了。如果出现层叠峰、无信号等情况可以考虑重新送样测序。

2楼2011-07-06 13:59:15

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

friya0910

新虫 (正式写手)

应助: 4 (幼儿园)
金币: 19.4
散金: 360
帖子: 401
在线: 77.4小时
虫号: 1073675
注册: 2010-08-12
专业: 作物分子育种

引用回帖:

Originally posted by lxj341401 at 2011-07-06 13:59:15:
测出来是你要的话不用的，测一次就够了。如果出现层叠峰、无信号等情况可以考虑重新送样测序。

我克一个基因，挑了三个单克隆测序，可是结果都不一样，但是差得不多，所以在想会不会是测序的问题，但是看峰图都挺好的呀！难道我的基因是多拷贝？

3楼2011-07-06 14:42:15

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

MolEPI: 58
应助: 388 (硕士)
贵宾: 0.238
金币: 17138.7
红花: 43
帖子: 2251
在线: 712.4小时
虫号: 111074
注册: 2005-11-20
专业: 生物化学

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
西瓜(金币+3): good 2011-07-06 17:02:26

引用回帖:

Originally posted by friya0910 at 2011-07-06 14:42:15:
我克一个基因，挑了三个单克隆测序，可是结果都不一样，但是差得不多，所以在想会不会是测序的问题，但是看峰图都挺好的呀！难道我的基因是多拷贝？

应该不是测序的问题，现在测序结果还是比较可信的。三个单克隆三个不同结果也可以理解，基因应该是单拷贝的，都连进去了，但连的是不同的基因，是前面实验的问题。三个里面如果有一个是你要的，就挑取那个单克隆，其他两个单克隆都不要了，继续后面实验，如果都不是你要的，就挑别的单克隆去测序了或者重新转化了。

4楼2011-07-06 15:17:20

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

friya0910

新虫 (正式写手)

应助: 4 (幼儿园)
金币: 19.4
散金: 360
帖子: 401
在线: 77.4小时
虫号: 1073675
注册: 2010-08-12
专业: 作物分子育种

引用回帖:

Originally posted by lxj341401 at 2011-07-06 15:17:20:
应该不是测序的问题，现在测序结果还是比较可信的。三个单克隆三个不同结果也可以理解，基因应该是单拷贝的，都连进去了，但连的是不同的基因，是前面实验的问题。三个里面如果有一个是你要的，就挑取那个单克 ...

现在的问题是这三个非常接近的说，而且我也确定不了哪个是我要的，非常纠结呢！

5楼2011-07-06 17:52:54

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

MolEPI: 58
应助: 388 (硕士)
贵宾: 0.238
金币: 17138.7
红花: 43
帖子: 2251
在线: 712.4小时
虫号: 111074
注册: 2005-11-20
专业: 生物化学

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
dhd997(金币+3): 2011-07-06 18:50:19

引用回帖:

Originally posted by friya0910 at 2011-07-06 17:52:54:
现在的问题是这三个非常接近的说，而且我也确定不了哪个是我要的，非常纠结呢！

不知道你三个接近到什么程度？如果这基因是PCR来的，只是几个碱基不一样，换个高保真的聚合酶重新弄过；如果你的目的是要表达蛋白的话也无需纠结，三个一起做表达测定活性看看。

6楼2011-07-06 18:48:13

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

friya0910

新虫 (正式写手)

应助: 4 (幼儿园)
金币: 19.4
散金: 360
帖子: 401
在线: 77.4小时
虫号: 1073675
注册: 2010-08-12
专业: 作物分子育种

引用回帖:

Originally posted by lxj341401 at 2011-07-06 18:48:13:
不知道你三个接近到什么程度？如果这基因是PCR来的，只是几个碱基不一样，换个高保真的聚合酶重新弄过；如果你的目的是要表达蛋白的话也无需纠结，三个一起做表达测定活性看看。

其实我之前在ＤＮＡ上做PCR的时候就发现这个基因是多拷贝的，现在做表达呢，问题是我送出去测3个样就测出来三个序列，我怕还有更多的拷贝呢，我打算再送三个样测测看。其实互相之间碱基差得不到10个吧，翻译成蛋白也就差两三个氨基酸。

7楼2011-07-06 20:29:14

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

amilie030312

金虫 (正式写手)

MolEPI: 2
应助: 7 (幼儿园)
金币: 644.8
帖子: 407
在线: 47.3小时
虫号: 296900
注册: 2006-11-18
专业: 动物遗传学

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
dhd997(金币+2): good 2011-07-07 07:42:09

如果相差不大说明你做克隆时用的PCR酶不是高保真酶，估计你被商家忽悠了。如果差距不叫大可以重测一下，有重叠峰的话测序公司一般是会告诉你的，如果酶也换了高保真酶再测序还发现有不一样的，那就有可能是不同的剪切子了，恭喜你再做些东西整理一下可以发个要求不太高的文章了。

8楼2011-07-06 23:30:51

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

friya0910

新虫 (正式写手)

应助: 4 (幼儿园)
金币: 19.4
散金: 360
帖子: 401
在线: 77.4小时
虫号: 1073675
注册: 2010-08-12
专业: 作物分子育种

引用回帖:

Originally posted by amilie030312 at 2011-07-06 23:30:51:
如果相差不大说明你做克隆时用的PCR酶不是高保真酶，估计你被商家忽悠了。如果差距不叫大可以重测一下，有重叠峰的话测序公司一般是会告诉你的，如果酶也换了高保真酶再测序还发现有不一样的，那就有可能是不同的 ...

怎么说呢，我的目的片段是297bp，然后送三个样，测出来有三个位点是不一样的，有的是1、2一样，3不一样，有的是2、3一样，1不一样；翻译成蛋白，1和2完全一样，3号有一个位点和它们不一样；我刚咨询了一下公司，说他们的酶的保真性能达到95%以上，不应该是错配。测序的峰图也挺好的。选了两个样重测以后还是和以前一样，应该可以排除测序出现错误的问题。还有弱弱的问一下，什么叫剪切子不一样啊？

9楼2011-07-07 15:34:15

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

amilie030312

金虫 (正式写手)

MolEPI: 2
应助: 7 (幼儿园)
金币: 644.8
帖子: 407
在线: 47.3小时
虫号: 296900
注册: 2006-11-18
专业: 动物遗传学

引用回帖:

Originally posted by friya0910 at 2011-07-07 15:34:15:
怎么说呢，我的目的片段是297bp，然后送三个样，测出来有三个位点是不一样的，有的是1、2一样，3不一样，有的是2、3一样，1不一样；翻译成蛋白，1和2完全一样，3号有一个位点和它们不一样；我刚咨询了一下公司 ...

不用说了，你被忽悠了，换一家专业点的公司买酶吧。说吧，你用的啥牌子的酶啊？让大家共同来批判一下引以为戒。
不过也不一定，我觉得第一个和第二个没有引起编码改变的倒是可以接受的，是不是同源密码啊，但第三个不一样的我估计就是值得讨论一下了。