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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】PCR图，看不明白了
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lhm_hnyj

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】PCR图，看不明白了已有2人参与


如上图，从右至左为ITS4/5于55度扩增同种三批样品，特异引物54度扩增不同种（可能为三种）五批样品，特异引物60度扩增不同种（可能为三种）五批样品，ITS4/5于52度扩增同种三批样品；体系以DL2000间隔点样，随行空白。特异引物依据图中300bp左右单一亮带的种设计，由图上（特异引物60度扩增）应该可以判断确实可将该种与其他种加以区别。



但后来将上面经过ITS4/5扩增阳性的产物用上述特异引物进行巢氏PCR，（设计特异引物的那个种），分别用60度常规PCR和65-60度梯度PCR，结果一致，都出现多条带，而且应为目的带的300bp处不是最亮的（忽略第二道，可能为操作失误）。不明白为什么会有这种情况出现。单用该特异引物扩增只出现一条带的啊，用巢氏应该条带更单一才对的啊。求大家帮忙分析分析哈
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1楼2010-12-23 15:07:34
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lhm_hnyj

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by rioarsenal at 2010-12-23 15:16:39:
巢式再做一次，提高退火温度

那为什么常规60度就能得到单带呢
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3楼2010-12-23 15:23:55
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rioarsenal

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
巢式再做一次，提高退火温度
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2楼2010-12-23 15:16:39
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rioarsenal

金虫 (正式写手)
这个很难说，与引物和模板序列都有关系。或者直接回收第一次的PCR产物去测序
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4楼2010-12-23 15:42:50
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