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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 紧急求助！我的RT-PCR数据怎么做成可以发文章的图？
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tmdabc

金虫 (小有名气)

[求助] 紧急求助！我的RT-PCR数据怎么做成可以发文章的图？

急求大侠指点，
（我的数据，还有处理到2^-ΔΔt这一步出现的问题1，都在附件里，）
问题1，如下，我测上清HBV拷贝数，没有内参，看RNAi、drug及联用作用，delta delta t是用实验平均值减去空白对照平均值。
        control        RNAi               drug             RNAi+drug
        21.13        25.63        22.81        23.41
        23.37        23.45        24.44        24.4
        23.2                22.96        23.07         23.78
平均22.566         24.013        23.44        23.86333333
        0        1.446666667        0.873333        1.296666667               ：减去空白对照
                                      
        1        0.366868091        0.545884132        0.407065634       ： 2^(-△△Ct)
問題        ：
处理效果强弱顺序CT值和2^(-△△Ct)不匹配-----因为drug的△△Ct结果在0-1，所以。。。
问题2，
应该做什么样的图？
xy坐标分别写什么？
误差棒怎么加？
显著性怎么标注？
图示标注解释怎么写？



O(∩_∩)O谢谢[ Last edited by tmdabc on 2013-1-18 at 20:41 ]
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    • 2013-01-18 18:58:49, 10 K

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1楼2013-01-18 19:04:05
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

runying36

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

首先LZ考虑一下，你这样急急忙忙地做的结果是不是符合逻辑，都没有内参，我想你投的期刊能接受这样的结果吗？
下面我提供的是关于ΔΔCt方法分析的统计表示，这并不代表我认同LZ可以用这个方法统计出你所需要的图。
下面是举例哈，LZ根据自己的情况里分析哈：
实时荧光定量PCR：目的基因的相对表达量用ΔΔCT法计算，ΔCT（目的基因）=CT（目的基因）－CT（内参基因），ΔΔCT=ΔCT（处理组）－ΔCT（空白组）。目的基因的相对表达水平=2-ΔΔCT ，数据用Excel进行统计分析，荧光实时定量PCR结果均用均值±标准误表示，其中各基因的表达量所示结果均经过内参β-actin表达量进行校正。（你现在没有内参，那么ΔCt就不用算了，直接算出来的就是ΔΔCt）
结果表示为（我想把截图发在这里，结果粘贴不上，只有发个附件了）

再急还是应该是结果合理化，敬告！
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tmdabc liubolin945
8楼2013-01-19 19:44:14
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普通回帖

海骄子

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
看你数据，只做了一次测量，无法进行显著性标注等操作！！
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2楼2013-01-18 20:52:32
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dongyan08

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
是啊，只做了一次试验，必须做三次分析数据才有意义，根本就没法进行显著性分析，而且没有内参， 2^(-△△Ct)根本就不能这样算，应做差异分析图，X是组别 RNAi \drug \ RNAi+drug，Y就是2^(-△△Ct)，误差棒作图时加 ，显著性要先分析。
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tmdabc
3楼2013-01-18 21:12:41
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tmdabc

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by dongyan08 at 2013-01-18 21:12:41
是啊，只做了一次试验，必须做三次分析数据才有意义，根本就没法进行显著性分析，而且没有内参， 2^(-△△Ct)根本就不能这样算，应做差异分析图，X是组别 RNAi \drug \ RNAi+drug，Y就是2^(-△△Ct)，误差棒作图时加 ...

能再详细点么？谢谢。
差异分析图？
2^(-△△Ct)结果效果顺序和CT值不同啊
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4楼2013-01-19 01:09:06
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tmdabc

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 海骄子 at 2013-01-18 20:52:32
看你数据，只做了一次测量，无法进行显著性标注等操作！！

其他的呢？
能不能详细说说？
谢谢
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5楼2013-01-19 01:11:26
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runying36

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
LZ的数据没有内参，不能做成2^(-ΔΔCt)
要测上清的HBV，应该用绝对定量，就是已知病毒滴度的标准品，做出Ct值对应滴度（其实是病毒浓度的一种表示方法）的标准曲线，然后将样品去做qPCR,所得的Ct值在标准曲线上得出样品中HBV的滴度。
这样一来，表误差线和算显著性差异就比较简单了
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tmdabc
6楼2013-01-19 18:43:48
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tmdabc

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by runying36 at 2013-01-19 18:43:48
LZ的数据没有内参，不能做成2^(-ΔΔCt)
要测上清的HBV，应该用绝对定量，就是已知病毒滴度的标准品，做出Ct值对应滴度（其实是病毒浓度的一种表示方法）的标准曲线，然后将样品去做qPCR,所得的Ct值在标准曲线上得 ...

谢谢。
没时间去做了啊。
内参应该都是0啊，因为处理过的样品里面不可能有GAPDH什么的！

没办法了么？
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7楼2013-01-19 18:54:05
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runying36

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

这幅图不能直接贴在这里，所以请LZ下载一下哈
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9楼2013-01-19 19:46:21
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runying36

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

哎呀，有个三线表格就是贴不上来，也传不上来(传了没法插入链接)
反正就是你用处理组的三个数字分别相又得每组的三个数字，然后用这三个数字去照常统计分析即可。表示方法可以直接记为ΔΔCt的mean加减SEM，也可以把他们都算成2^（-ΔΔCt）来表示也可。
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tmdabc
10楼2013-01-19 19:59:28
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