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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 【求助/交流】RT-PCR的数据处理
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pumpkin236

铁虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】RT-PCR的数据处理

请教大家关于RT-PCR的数据处理。总共有一个正常组，五个加药组。每组三个平行的CT值。每组的SD怎么求。以前用excel里公式SD求。但是看文献说要通过2－△△CT。不知道这个标准方差怎么搞。。。
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1楼 2011-03-27 16:39:19
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
★ ★ ★
看天(金币+3): 鼓励回答 2011-03-27 17:22:48
pumpkin236(金币+1): 2011-03-27 18:05:48
有一种算法是：
把内参的Ct求均值，比如得到a，再把目的基因每一个Ct减去a，就得到三个△Ct了，然后分别算三个的2e-△Ct，得到相对数共3个，然后就用这个来算标准差

具体比较倍数才是两次△Ct，相对数不用
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2楼2011-03-27 17:03:03
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pumpkin236

铁虫 (小有名气)
lstt09nk: 你无形中给ATP好大的工作量啊~~呵呵~~不过他很热心~~ 2011-03-27 18:33:27
引用回帖:
Originally posted by 三磷酸腺苷 at 2011-03-27 17:03:03:
有一种算法是：
把内参的Ct求均值，比如得到a，再把目的基因每一个Ct减去a，就得到三个△Ct了，然后分别算三个的2e-△Ct，得到相对数共3个，然后就用这个来算标准差

具体比较倍数才是两次△Ct，相对数不用

我还是不太明白。为什么这点---得到三个△Ct了，然后分别算三个的2e-△Ct。

2-△△Ct不是最后一步才用嘛。。。

我现在是这样算的，△Ct=目的均值-内参均值。△△Ct=加药组的△Ct-正常组△Ct。然后2-△△Ct。得到加药组相对于正常组的表达量。

但是，我不太明白每组的SD怎么求。我是参照这篇文献的算法，但是他算SD我没太看懂。。Analysis of Relative Gene Expression Data Using Real-
Time Quantitative PCR and the 22DDCT Method

文献里他给了例子，就是表一。。你帮忙看下她的SD是怎么算的。。谢谢了
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3楼2011-03-27 18:15:56
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
★ ★
lstt09nk(金币+2): 我表示想偷笑~ 2011-03-27 21:24:34
pumpkin236(金币+1): 2011-03-28 09:43:38
引用回帖:
Originally posted by pumpkin236 at 2011-03-27 18:15:56:
我还是不太明白。为什么这点---得到三个△Ct了，然后分别算三个的2e-△Ct。

2-△△Ct不是最后一步才用嘛。。。

我现在是这样算的，△Ct=目的均值-内参均值。△△Ct=加药组的△Ct-正常组△Ct。然后2-△△C ...



其实，所有实验都要重复3次才有个SD，因此你的每次独立实验得出来的相对于对照组的倍数，就有3个值了，就可以再求均数标准差

如果你想知道每次独立实验复孔之间的均数标准差，就不要把复孔的值求均值再减去内参均值了，每一个复孔单独一个值就和内参的均值比较归一化即可

………………我发现一次过这么多文件鸭梨很大…………我表示想偷懒……
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4楼2011-03-27 21:08:28
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cxfans

铁杆木虫 (著名写手)
pumpkin236(金币+1): 2011-03-28 09:43:33
2－△△CT我找了原文献 你要我可以给你
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5楼2011-03-27 22:28:51
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pumpkin236

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by cxfans at 2011-03-27 22:28:51:
2－△△CT我找了原文献 你要我可以给你

我也有。。但是还是不懂怎么处理SD
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6楼2011-03-27 22:44:55
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pumpkin236

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 三磷酸腺苷 at 2011-03-27 21:08:28:


其实，所有实验都要重复3次才有个SD，因此你的每次独立实验得出来的相对于对照组的倍数，就有3个值了，就可以再求均数标准差

如果你想知道每次独立实验复孔之间的均 ...

你说的意思我貌似明白了。。但是有一个地方你是不输入错了。。-----（把内参的Ct求均值，比如得到a，再把目的基因每一个Ct减去a，就得到三个△Ct了，然后分别算三个的2e-△Ct，得到相对数共3个，然后就用这个来算标准差具体比较倍数才是两次△Ct，相对数不用 ）
其中每组得到三个△Ct，然后应该是求三个的2-ΔCT，然后再求sd。而你说的2e-ΔCT是为什么呢。。。
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7楼2011-03-28 09:43:07
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
啊……是酱紫的
e是表示后面的为指数~~也有人写成^
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8楼2011-03-28 09:51:37
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shaquila

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 三磷酸腺苷 at 2011-03-27 21:08:28:


其实，所有实验都要重复3次才有个SD，因此你的每次独立实验得出来的相对于对照组的倍数，就有3个值了，就可以再求均数标准差

如果你想知道每次独立实验复孔之间的均 ...

要算sd，是不是加药组用每个孔来计算，那不是还有加药组-对照组，这个对照组是不是也要均值？
对照组是不是也要sd？
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9楼2011-03-28 10:54:30
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pumpkin236

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 三磷酸腺苷 at 2011-03-28 09:51:37:
啊……是酱紫的
e是表示后面的为指数~~也有人写成^

是我小白了。。小妹谢过了。。帮助很大哈
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10楼2011-03-28 11:00:18
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by shaquila at 2011-03-28 10:54:30:
要算sd，是不是加药组用每个孔来计算，那不是还有加药组-对照组，这个对照组是不是也要均值？
对照组是不是也要sd？

大家要理解SD是个什么概念
一群有变异的数（大于等于3个），就会有集中度和离散度的角度去描述他们
其中标准差就是一个离散度的指标。你在描述数据的时候，只要数据类型及其分布是一样的，就应该同等对待
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11楼2011-03-28 12:57:13
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shaquila

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 三磷酸腺苷 at 2011-03-28 12:57:13:
大家要理解SD是个什么概念
一群有变异的数（大于等于3个），就会有集中度和离散度的角度去描述他们
其中标准差就是一个离散度的指标。你在描述数据的时候，只要数据类型及其分布是一样的，就应该同等对待

那是不是给药组－对照组，公式上对照组取均值，在图表上，对照组也要标上sd
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12楼2011-03-28 13:46:09
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Crescendo

铁杆木虫 (著名写手)
帖子真精彩!
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13楼2011-08-31 16:17:23
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xiaoxin_85

木虫 (小有名气)
真好，学习了。顶
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14楼2013-04-08 14:59:18
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川北小虫

木虫 (小有名气)
лл
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15楼2015-04-21 02:29:09
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