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napzy

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】PCR没有条带 已有8人参与

大家好,我是个刚做分子的新人,PCR有些还不太明白,请教大家。
最近我跑PCR,两对引物,第一对,一跑就出了目标条带,第二对跑了很多次,死活跑不出东西来。大家帮我分析下,问题可能出在哪里?
引物设计没问题,很多人都用这对引物。我按照文献的各种方法都跑了,渐变温的,恒温的。开始怀疑引物出问题了,放了很长时间了,但这两天又用新配的引物也还是跑不出来。我也试着改变DNA模板浓度跑了,也没跑出任何东西来。
老板告诉我的信息是,肯定能跑出来,我们试验室毕业了的人跑过,再就是确实不好跑出来,第一对引物比较好跑出来,第一对跑出来了但第二对引物不一定能跑出来。他的意思是不是DNA模板可能有问题?纯度不够?
大家帮我分析下,我的实验过程中可能哪些地方出了问题,该怎么解决这些问题,谢谢了!

这是第一对引物跑的图

这是第二对引物跑的,跑出应该是同第一对的差不多,都应该是300多bp的片段
(另外弱弱的问一下,最下面那条带是什么?引物?引物二聚体?)
谢谢大家了!

[ Last edited by napzy on 2010-12-16 at 18:49 ]
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starseacow

专家顾问 (职业作家)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
第二幅图里下面的应该是引物二聚体
植物生理群69993869,为避免广告,申请加入请提供木虫昵称,院校及专业信息
2楼2010-12-16 19:02:33
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yinsongna

金虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
amisking(金币+1):鼓励交流! 2010-12-16 20:27:23
最下面的是引物二聚体
有一对引物能跑出来能用不就行了吗 。。。。。
3楼2010-12-16 19:07:06
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lovenlong

铜虫 (小有名气)

停下了,好好总结再做看看。


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by napzy at 2010-12-16 18:47:55:
大家好,我是个刚做分子的新人,PCR有些还不太明白,请教大家。
最近我跑PCR,两对引物,第一对,一跑就出了目标条带,第二对跑了很多次,死活跑不出东西来。大家帮我分析下,问题可能出在哪里?
引物设计没问题 ...

弱弱地问下:你第二个图那些黑斑是啥?洗完胶就这样还是咋滴?
如果你用的引物是新的,DNA能跑出第一对那也是没问题的,PCR体系也一样,那退火温度你设的多少?扩增的目的片段GC含量比例是否很高?很可能是加错东西哦。。。
4楼2010-12-16 20:25:25
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让心去散步

铁虫 (初入文坛)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
scelab(金币+2):谢谢交流!:tiger06: 2010-12-17 00:06:45
俩图里下面肯定都是二聚体,第二张图里,那黑色的应该就是有东西,不懂你的为啥黑色的,我从来没遇到过
5楼2010-12-16 20:55:29
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luoyuboy

禁虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
scelab(金币+5):鼓励新虫!欢迎多来交流!:tiger06: 2010-12-17 00:06:51
本帖内容被屏蔽

6楼2010-12-16 21:09:51
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napzy

新虫 (初入文坛)

谢谢大家了。
我是用的1%琼脂糖检测的。第二张图片黑的那里是溴酚蓝,应该是我照的时候没调好吧。没有洗胶,电泳完直接紫外检测。
因为我的试验,第一对检测可能有假阳性情况,需要两种检测的结果相综合。
PCR程序我是参考别人文献报道的跑同样的材料,同样的引物的程序,几种都跑了,跑不出来后我还试着调整程序跑了,也是没结果。
不行再全部重头来一次,所有的试剂,包括水什么的都尽量用新的试试看吧。
7楼2010-12-17 19:48:25
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sutao1979

木虫 (著名写手)

小木虫10年groupleader

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
rainwander(金币+3):黑斑就是hi溴酚蓝。鼓励积极参与~~~ 2010-12-18 09:11:23
黑斑是loadingbuffer(溴酚蓝)产生的,加太多了;小的条带是dimer,引物引起的,降低浓度会好些(10-20pmol);DNA的模板浓度一定不能高,否则扩不出来,这个是普通taq polymerase的缺点;如果是引物失效了,通常这种情况会发生,包括stock
会当凌绝顶,一览众山小
8楼2010-12-18 00:26:09
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xuqingchun33

银虫 (小有名气)

退火温度做个梯度吧
在这个纷绕的世俗世界里,能够学会用一颗平常的心去对待周围的一切,也是一种境界。
9楼2010-12-20 11:26:08
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