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ggyy0911

铁虫 (正式写手)

[求助] 毕赤酵母菌落PCR筛选,这样到底是转化进去没? 已有3人参与

我做的GS115,用Takara的Direct PCR裂解液裂解菌落,然后做菌落PCR,一端通用引物,一端特异性引物P不出来条带。
  然后我用两端特异性引物P,结果有的菌就P出目的条带了。
  最诡异的是我同时选了一个样做两端通用引物,P出了两条带,一条3K左右,一条淡淡的500bp,GS115本身有个条带就在3Kb附近,空载载体能P出500bp的条带,这样的话这个样就是空载咯?可是特异性引物P的时候,这个样是有目的条带的。
  
  在我看来,用两端通用引物;一端通用一端特异;两端都特异;三种方法只要P出目的条带,结果不都是一样的吗。不然目的条带哪里来的,就算引物不够特异,也不会刚好是目的条带的大小啊。我目的条带3kb,没那么容易假阳性吧。看文献很多人都写用通用引物鉴定,那如果是我这种情况,到底是转化了没?P不出条带又是什么原因呢?
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jjwhl

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

有可能是转化时候未导入酵母中的目的片段,用两端引物就给P出来了
6楼2015-07-23 15:21:30
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ggyy0911

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by evil丶zero at 2015-07-15 11:06:38
我不是高手,但是我感觉你用两端通用引物PCR得到的结果是可以解释的,有可能是你的菌落不是单菌落,阳性和假阳性都有。

谢谢回答~~有种茅塞顿开的感觉。不过我觉得应该不会吧,因为我一个板子随机挑5个点PCR,结果没有随机性。有的样能出来,有的样就出不来。如果是你说的这种原因,应该怎么解决呢?如果每一个单克隆都划线分离的话太费事了好像……只是点点到另外的板上可以吗?
8楼2015-07-26 22:27:08
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普通回帖

ggyy0911

铁虫 (正式写手)

自己顶一下,感觉这个应该比较基础啊,没有高手来解答么!

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2015-07-10 15:18:49
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awaken2013

铜虫 (小有名气)

试过takara的那个裂解液。。一点都不好用,重复性极差。
建议直接玻璃珠法提基因组是最准确的。不要再抱有侥幸心理,直接PCR只会更浪费时间。
3楼2015-07-13 23:50:09
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ggyy0911

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-07-13 23:50:09
试过takara的那个裂解液。。一点都不好用,重复性极差。
建议直接玻璃珠法提基因组是最准确的。不要再抱有侥幸心理,直接PCR只会更浪费时间。

谢谢你的回复~极差是怎么个情况?假阳假阴还是一会有条带一会又没条带?我信任这个裂解液是因为之前做的随便怎么P都能P出来……那用试剂盒提基因组可以吗?

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2015-07-15 08:17:24
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evil丶zero

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我不是高手,但是我感觉你用两端通用引物PCR得到的结果是可以解释的,有可能是你的菌落不是单菌落,阳性和假阳性都有。
5楼2015-07-15 11:06:38
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶

【答案】应助回帖

我不用裂解液,直接菌体PCR。
流星来时我许了个愿,愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具,久不看论坛一来就提问者,宁弃EPI和VIP也不回帖。
7楼2015-07-23 23:32:47
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ggyy0911

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by jjwhl at 2015-07-23 15:21:30
有可能是转化时候未导入酵母中的目的片段,用两端引物就给P出来了

可是这样的话也应该是什么引物都能P出来吧?因为我的线性化位点是PmeI或者SalI,都不破坏5AOX位点和3AOX位点。线性化不会把我质粒上的片段单独切出来,肯定是质粒和片段一起的一条……
9楼2015-07-26 22:28:39
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ggyy0911

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 冼亮淀粉酶 at 2015-07-23 23:32:47
我不用裂解液,直接菌体PCR。

求问你用的是什么酶呀?具体怎么操作的呢?我连接的片段有3kb,似乎有点困难。
10楼2015-07-26 22:30:33
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