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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » EMSA/ChIP » 求问CHIP引物设计
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三爷111

金虫 (小有名气)

[求助] 求问CHIP引物设计 已有1人参与

最近想做一个CHIP实验，但实验室人都没有做过，想请问下怎么设计引物。我想检测一个转录因子是否结合在某个基因的启动子上。请问设计针对该基因启动子的引物的话，要针对那一段设计？求大神指点，越详细越好！谢谢！
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1楼 2015-06-30 09:39:52
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小小逍遥人

金虫 (正式写手)

张斌猪
我们可以做，5500元一个样  包括设计引物  抗体不包括
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生命还需要奇迹来衬托
2楼2015-06-30 11:14:48
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三爷111

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小小逍遥人 at 2015-06-30 11:14:48
我们可以做，5500元一个样  包括设计引物  抗体不包括

谢谢，想自己做。总是要学的。
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3楼2015-06-30 21:03:36
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timmy1028

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
三爷111: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-08-08 14:51:25
引用回帖:
3楼: Originally posted by 三爷111 at 2015-06-30 21:03:36
谢谢，想自己做。总是要学的。...

方法1:在UCSC browser上查你的gene，然后找到转录起始位点（TSS），然后从TSS －1500至＋500的区域可认为是启动子区域，设计多对primer覆盖启动子，分别作qPCR＋melting curve，从中选取合适的primer。
方法2；查文献，找validated ChIP primer
方法3: 查文献，找validated promoter sequence，然后再重复方法1
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4楼2015-08-07 01:44:39
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