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yinyongtai

新虫 (初入文坛)

[交流] 大家看这对甲基化BSP引物设计有什么问题? 已有2人参与

本人刚刚接触甲基化测序,
有一启动子,想检测甲基化水平,设计BSP引物时碰了钉子,参考了别人的文献发现BSP引物序列如下:
上游:
ATATTTTATTAAGTTGGGGGAATTG
下游:
ACCCTCAAAAAATCACTAAAAAAAC

按照我的理解,亚硫酸盐处理后的DNA中非甲基化的C碱基会变成T;引物应该都要避免与C碱基配对才对,
那么,请问,上述引物为什么上游有那么多G呢???



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robustniquew

新虫 (初入文坛)

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kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-08-08 13:51:19
能否提供一下相应的序列?BSP引物一般都是在CpG岛两端设计的引物,但是也不是不能完全包含CG位点,如果找不到合适的设计引物的位置,在引物的5'端包含CG位点是可以的,但是3'端一定不能包含CG位点。
天津强微特生物科技有限公司
2楼2014-08-08 13:11:04
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
推荐你去看一下这个文章。
016.艾德科技教你如何在线设计甲基化的引物
链接地址:http://www.aderr.com/cn/main.php ... 23&id=24445  
3楼2014-08-08 17:41:58
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
亚硫酸盐处理后,只是将非甲基化和甲基化的C,变成U,通过PCR扩增后,非甲基化的C才变成了T,而甲基化的C,还是C。
4楼2014-08-08 17:44:03
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