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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 使用亚硫酸氢钠测序法测试基因CpG甲基化
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robert-xn

银虫 (小有名气)

[求助] 使用亚硫酸氢钠测序法测试基因CpG甲基化

各位仁兄，麻烦问一下有人用亚硫酸氢钠测序法测试过基因CpG甲基化么，因为用亚硫酸盐处理的时候片段会断裂，所以想问问它可以PCR的片段范围一般是多少啊，可以达到600bp么？多谢了
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天高任鸟飞
1楼 2011-08-19 09:09:25
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

lyqifeih

新虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
西瓜(金币+5): 专业人士！ 2011-08-20 22:39:42
引用回帖:
7楼: Originally posted by robert-xn at 2011-08-19 17:46:33:
我的实验还没有开始，现在正在设计中，那麻烦问一下在做BSPCR的时候有什么需要注意的么，还有过表达应该怎么做啊？多谢了

BSPCR 还是比较好做的，按照说明书就行。PCR产物不宜直接送出去测序，最好转到细菌中过表达下，然后挑斑，每个PCR产物只是挑20，摇菌，送2ml菌液测序，我天天帮人干这活。这样就可以了。做甲基化，还要做MSPCR。
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刚进入神经生物和电生理
8楼2011-08-20 09:26:48
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lyqifeih

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
robert-xn(金币+3): 认真 2011-08-19 17:46:52
西瓜(金币+5, MolEPI+1): Good！新虫很犀利！ 2011-08-19 18:37:34
我一般选择200~400bp，也有P整个CpG岛的，但是效果没有200~400bp好。因为U产生太多的话，DNA不稳定，建议200bp左右。你从组织中提的DNA，BSPCR之后，产量够测序用么？我BSPCR之后，一般还要过表达下，才够测序。
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刚进入神经生物和电生理
6楼2011-08-19 14:55:53
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lyqifeih

新虫 (小有名气)
★ ★ ★
dhd997(金币+3): 鼓励交流 2011-08-21 09:12:12
引用回帖:
9楼: Originally posted by 77747759 at 2011-08-20 16:12:37:
那请教有些公司 甲基化测序和甲基化芯片是怎么回事？？？？

市场上，现在比较流行的甲基化测序有焦磷酸测序，这个方法教昂贵，就是数据好看些，他给你的结果是甲基化的百分比。也就说你样品中甲基化的程度。
做甲基化的方法当然很多了，包括甲基化芯片，这个方法没有多大意思，费用非常高，我做个一次，结果不理想，花了25000. 变性质谱技术、HRM（高分辨溶解曲线)等、MSPCR和BSPCR技术等等。比较适合科研院所做的就是MSPCR和BSPCR，费用比较低。当然HRM方法也不错。
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刚进入神经生物和电生理
10楼2011-08-21 08:50:49
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普通回帖

lyqifeih

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
dhd997(金币+2): good 2011-08-19 12:02:57
可以，最好不要那么长，我喜欢200bp测序，这样准确度就很高。
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刚进入神经生物和电生理
2楼2011-08-19 10:49:34
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robert-xn

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lyqifeih at 2011-08-19 10:49:34:
可以，最好不要那么长，我喜欢200bp测序，这样准确度就很高。

那再麻烦问一下，如果过长会有什么不好的影响呢？
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天高任鸟飞
3楼2011-08-19 10:59:59
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lyqifeih

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
1949stone(金币+2): 鼓励 2011-08-19 13:18:37
请问你是测序么？太长了容易有错配。我毕业论文就是做的甲基化，导师要求不要太长，太长了测序不准。像我现在用HRM技术，就好些，不用测序。
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刚进入神经生物和电生理
4楼2011-08-19 12:21:04
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robert-xn

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lyqifeih at 2011-08-19 12:21:04:
请问你是测序么？太长了容易有错配。我毕业论文就是做的甲基化，导师要求不要太长，太长了测序不准。像我现在用HRM技术，就好些，不用测序。

是要测序的，但是先用亚硫酸盐处理后测序，由于处理可能会使片段断掉，所以不知道多长的片段可以效果好一点
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天高任鸟飞
5楼2011-08-19 14:40:49
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robert-xn

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lyqifeih at 2011-08-19 14:55:53:
我一般选择200~400bp，也有P整个CpG岛的，但是效果没有200~400bp好。因为U产生太多的话，DNA不稳定，建议200bp左右。你从组织中提的DNA，BSPCR之后，产量够测序用么？我BSPCR之后，一般还要过表达下，才够测序。

我的实验还没有开始，现在正在设计中，那麻烦问一下在做BSPCR的时候有什么需要注意的么，还有过表达应该怎么做啊？多谢了
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天高任鸟飞
7楼2011-08-19 17:46:33
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77747759

金虫 (正式写手)

与国同庆
那请教有些公司 甲基化测序和甲基化芯片是怎么回事？？？？
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9楼2011-08-20 16:12:37
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