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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 使用亚硫酸氢钠测序法测试基因CpG甲基化
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spiderboy

金虫 (正式写手)
引用回帖:
188559楼: Originally posted by lyqifeih at 2011-08-20 09:26:48
BSPCR 还是比较好做的，按照说明书就行。PCR产物不宜直接送出去测序，最好转到细菌中过表达下，然后挑斑，每个PCR产物只是挑20，摇菌，送2ml菌液测序，我天天帮人干这活。这样就可以了。做甲基化，还要做MSPCR。...

你好，我现在也在尝试做BSPCR。做好几天了，都么没有扩出片段来。
我用的试剂盒是EZ DNA Methylation-Gold™ Kit 和Epigentek。
基因组也是用试剂盒提出来的，质量还行。
引物是文献上面已用的引物。
但是做了好多次，都没有扩出任何片段。请问哪里可能出问题？
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11楼2012-08-08 21:01:27
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lyqifeih

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4653527楼: Originally posted by spiderboy at 2012-08-08 21:01:27
你好，我现在也在尝试做BSPCR。做好几天了，都么没有扩出片段来。
我用的试剂盒是EZ DNA Methylation-Gold™ Kit 和Epigentek。
基因组也是用试剂盒提出来的，质量还行。
引物是文献上面已用的引物。
但是 ...

您好！ 你确定引物合成的时候 比对过！我以前也是这样，有的文献的引物不一定能用！ 做BSP 引物应该有两对， 一对是做甲基化化，另一对是没有甲基化的做参照!
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刚进入神经生物和电生理
12楼2012-08-13 09:09:57
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spiderboy

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4656181楼: Originally posted by lyqifeih at 2012-08-13 09:09:57
您好！ 你确定引物合成的时候 比对过！我以前也是这样，有的文献的引物不一定能用！ 做BSP 引物应该有两对， 一对是做甲基化化，另一对是没有甲基化的做参照!...

比对过了。序列没问题。现在扩出来了，多加点Mg2+才扩出来的。
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13楼2012-08-13 13:06:28
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lyqifeih

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4656349楼: Originally posted by spiderboy at 2012-08-13 13:06:28
比对过了。序列没问题。现在扩出来了，多加点Mg2+才扩出来的。...

那就好！呵呵！
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刚进入神经生物和电生理
14楼2012-08-14 08:17:33
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哇哇乱叫

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lyqifeih at 2011-08-19 14:55:53
我一般选择200~400bp，也有P整个CpG岛的，但是效果没有200~400bp好。因为U产生太多的话，DNA不稳定，建议200bp左右。你从组织中提的DNA，BSPCR之后，产量够测序用么？我BSPCR之后，一般还要过表达下，才够测序。

您好，我想问下你做甲基化用的是一代测序还是二代
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时间会证明一切
15楼2014-07-28 10:24:12
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15836073150

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lyqifeih at 2011-08-19 14:55:53
我一般选择200~400bp，也有P整个CpG岛的，但是效果没有200~400bp好。因为U产生太多的话，DNA不稳定，建议200bp左右。你从组织中提的DNA，BSPCR之后，产量够测序用么？我BSPCR之后，一般还要过表达下，才够测序。

你好，我是研究不同处理下基因启动子的甲基化变化，请问是要找启动子中的CPG岛来设计引物吗
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16楼2015-11-06 14:49:57
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