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robert-xn

银虫 (小有名气)

[求助] 使用亚硫酸氢钠测序法测试基因CpG甲基化

各位仁兄,麻烦问一下有人用亚硫酸氢钠测序法测试过基因CpG甲基化么,因为用亚硫酸盐处理的时候片段会断裂,所以想问问它可以PCR的片段范围一般是多少啊,可以达到600bp么?多谢了
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天高任鸟飞
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spiderboy

金虫 (正式写手)

引用回帖:
188559楼: Originally posted by lyqifeih at 2011-08-20 09:26:48
BSPCR 还是比较好做的,按照说明书就行。PCR产物不宜直接送出去测序,最好转到细菌中过表达下,然后挑斑,每个PCR产物只是挑20,摇菌,送2ml菌液测序,我天天帮人干这活。这样就可以了。做甲基化,还要做MSPCR。...

你好,我现在也在尝试做BSPCR。做好几天了,都么没有扩出片段来。
我用的试剂盒是EZ DNA Methylation-Gold™ Kit 和Epigentek。
基因组也是用试剂盒提出来的,质量还行。
引物是文献上面已用的引物。
但是做了好多次,都没有扩出任何片段。请问哪里可能出问题?
11楼2012-08-08 21:01:27
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lyqifeih

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
dhd997(金币+2): good 2011-08-19 12:02:57
可以,最好不要那么长,我喜欢200bp测序,这样准确度就很高。
刚进入神经生物和电生理
2楼2011-08-19 10:49:34
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robert-xn

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lyqifeih at 2011-08-19 10:49:34:
可以,最好不要那么长,我喜欢200bp测序,这样准确度就很高。

那再麻烦问一下,如果过长会有什么不好的影响呢?
天高任鸟飞
3楼2011-08-19 10:59:59
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lyqifeih

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
1949stone(金币+2): 鼓励 2011-08-19 13:18:37
请问你是测序么?太长了容易有错配。我毕业论文就是做的甲基化,导师要求不要太长,太长了测序不准。像我现在用HRM技术,就好些,不用测序。
刚进入神经生物和电生理
4楼2011-08-19 12:21:04
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