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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 大家看这对甲基化BSP引物设计有什么问题？
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yinyongtai

新虫 (初入文坛)

[交流] 大家看这对甲基化BSP引物设计有什么问题？ 已有2人参与

本人刚刚接触甲基化测序，
有一启动子，想检测甲基化水平，设计BSP引物时碰了钉子，参考了别人的文献发现BSP引物序列如下：
上游：
ATATTTTATTAAGTTGGGGGAATTG
下游：
ACCCTCAAAAAATCACTAAAAAAAC

按照我的理解，亚硫酸盐处理后的DNA中非甲基化的C碱基会变成T；引物应该都要避免与C碱基配对才对，
那么，请问，上述引物为什么上游有那么多G呢？？？



新手上路，多多指教！
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1楼 2014-08-07 21:01:31
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亚硫酸盐处理后，只是将非甲基化和甲基化的C，变成U，通过PCR扩增后，非甲基化的C才变成了T，而甲基化的C，还是C。
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4楼2014-08-08 17:44:03
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robustniquew

新虫 (初入文坛)
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kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-08-08 13:51:19
能否提供一下相应的序列？BSP引物一般都是在CpG岛两端设计的引物，但是也不是不能完全包含CG位点，如果找不到合适的设计引物的位置，在引物的5'端包含CG位点是可以的，但是3'端一定不能包含CG位点。
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2楼2014-08-08 13:11:04
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
推荐你去看一下这个文章。
016.艾德科技教你如何在线设计甲基化的引物
链接地址：http://www.aderr.com/cn/main.php ... 23&id=24445  
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3楼2014-08-08 17:41:58
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