应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 自己设计的引物，不知道行不行，大家看看
91/1返回列表
查看: 3961  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

sxzxs

新虫 (初入文坛)

[求助] 自己设计的引物，不知道行不行，大家看看 已有4人参与

自己设计的qPCR引物，新手一个，不知道行不行，大家帮着看一看呗，谢谢了。

目的蛋白：Rattus norvegicus iodotyrosine deiodinase (Iyd)
NCBI Reference Sequence: NM_001025000.1
Sequence (5'->3') Length Tm GC% Self complementarity Self 3' complementarity
Forward primer AGGAGTACTTGGACACTGCC 20 59.02 55.00 6.00 3.00
Reverse primer AGACGAGGACCACAGTTGAG 20 59.04 55.00 3.00 2.00

目的蛋白：sodium/iodide cotransporter [Rattus norvegicus]
NCBI Reference Sequence: NP_443215.2

Sequence (5'->3') Length Tm GC% Self complementarity Self 3' complementarity
Forward primer GTGCCGACGACTTCTTTACC 20 58.93 55.00 3.00 0.00
Reverse primer ATCGGCAAGAAGAGAAACGC 20 58.92 50.00 2.00 2.00


目的蛋白：pendrin [Rattus norvegicus]
NCBI Reference Sequence: NP_062087.1

Sequence (5'->3') Length Tm GC% Self complementarity Self 3' complementarity
Forward primer CCCAGCACAGACATCTACAAA 21 57.94 47.62 4.00 0.00
Reverse primer CCAACTGTTGACTTGACGCA 20 58.99 50.00 7.00 2.00
有高手给指点一下呗，或者帮我设计一下也行，谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-03-07 14:51:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liulugang

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-03-08 17:39:47
没太大问题，引物3‘端不能是A，最后的引物可以重新设计下。
赞一下 回复此楼
2楼2014-03-07 18:03:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sxzxs

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liulugang at 2014-03-07 18:03:10
没太大问题，引物3‘端不能是A，最后的引物可以重新设计下。

有人说第二个 引物二聚体有点严重，△G一般不应超过5，有影响么。最后的那个不好设计啊，要不，烦劳你帮我设计下。
赞一下 回复此楼
3楼2014-03-07 19:42:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-03-08 17:40:06
大体上都可以，最后一组的反向引物可能会有些发卡结构，我给你个网址你自己可是看看引物好用否。http://www.basic.northwestern.edu/biotools/oligocalc.html
赞一下(1人) 回复此楼
hehe
4楼2014-03-07 21:13:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Lau_Kimura

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-03-08 17:40:33
楼主有没有使用软件？

自己设计（用眼看）的话，GC含量一般很好控制的50%的吧。

有没有Blast，看引物特异性怎么样？
赞一下 回复此楼
5楼2014-03-07 22:00:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Lau_Kimura

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by sxzxs at 2014-03-07 19:42:50
有人说第二个 引物二聚体有点严重，△G一般不应超过5，有影响么。最后的那个不好设计啊，要不，烦劳你帮我设计下。...

引物3’端出现3个以上的连续碱基，如GGG或CCC，也会使错误引发机率增加。
赞一下 回复此楼
6楼2014-03-07 23:10:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

youlinglyw

荣誉版主 (著名写手)

一匡天下

优秀版主

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-03-08 17:40:42
我一般用primer5，这个可以给打分

你可以用oligo去分析一下引物问题
赞一下 回复此楼
天行健
7楼2014-03-07 23:16:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sxzxs

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by Lau_Kimura at 2014-03-07 22:00:28
楼主有没有使用软件？

自己设计（用眼看）的话，GC含量一般很好控制的50%的吧。

有没有Blast，看引物特异性怎么样？

我不太懂，同学帮我设计得，用的primer3，特异性都没问题，就是怕里面有什么别的结构有影响
赞一下 回复此楼
8楼2014-03-08 10:01:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sxzxs

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by youlinglyw at 2014-03-07 23:16:17
我一般用primer5，这个可以给打分

你可以用oligo去分析一下引物问题

oligo 没用明白啊，不会用，要不，烦劳您帮我评价下，新手，心里没底啊
赞一下 回复此楼
9楼2014-03-08 10:04:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 sxzxs 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 7K1CJE38xLG4 2026-08-25 4/200 2026-08-26 02:04 by cNXvBfCpiZOM
[基金申请] 今天务委会开完了，明天出结果吗 +18 angus9576 2026-08-25 22/1100 2026-08-26 00:41 by merchancy
[基金申请] 明天应该可查了！？ +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
[基金申请] 有没有大神帮我看看基金代码 28+4 1234567wang 2026-08-24 10/500 2026-08-25 19:15 by lfy8008
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +20 羊腰板 2026-08-21 23/1150 2026-08-25 16:34 by zsna
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +17 医学老男孩 2026-08-20 22/1100 2026-08-25 15:36 by 医学老男孩
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +5 process2012 2026-08-23 7/350 2026-08-25 09:42 by huixian257
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +17 kkkl_v 2026-08-19 18/900 2026-08-25 09:41 by windflowerwy
[基金申请] 我面上完蛋了 +13 且听虎啸 2026-08-20 14/700 2026-08-25 09:10 by mrkang
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +25 yaoyewhu2008 2026-08-20 27/1350 2026-08-25 08:01 by Equinoxhua
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +13 大萍1987 2026-08-20 16/800 2026-08-24 10:23 by 太傻了
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 看来今天不会放榜了？ +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭