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sxzxs

新虫 (初入文坛)

[求助] 自己设计的引物,不知道行不行,大家看看 已有4人参与

自己设计的qPCR引物,新手一个,不知道行不行,大家帮着看一看呗,谢谢了。

目的蛋白:Rattus norvegicus iodotyrosine deiodinase (Iyd)
NCBI Reference Sequence: NM_001025000.1
Sequence (5'->3') Length Tm GC% Self complementarity Self 3' complementarity
Forward primer AGGAGTACTTGGACACTGCC 20 59.02 55.00 6.00 3.00
Reverse primer AGACGAGGACCACAGTTGAG 20 59.04 55.00 3.00 2.00

目的蛋白:sodium/iodide cotransporter [Rattus norvegicus]
NCBI Reference Sequence: NP_443215.2

Sequence (5'->3') Length Tm GC% Self complementarity Self 3' complementarity
Forward primer GTGCCGACGACTTCTTTACC 20 58.93 55.00 3.00 0.00
Reverse primer ATCGGCAAGAAGAGAAACGC 20 58.92 50.00 2.00 2.00


目的蛋白:pendrin [Rattus norvegicus]
NCBI Reference Sequence: NP_062087.1

Sequence (5'->3') Length Tm GC% Self complementarity Self 3' complementarity
Forward primer CCCAGCACAGACATCTACAAA 21 57.94 47.62 4.00 0.00
Reverse primer CCAACTGTTGACTTGACGCA 20 58.99 50.00 7.00 2.00
有高手给指点一下呗,或者帮我设计一下也行,谢谢
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Lau_Kimura

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-03-08 17:40:33
楼主有没有使用软件?

自己设计(用眼看)的话,GC含量一般很好控制的50%的吧。

有没有Blast,看引物特异性怎么样?
5楼2014-03-07 22:00:28
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liulugang

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-03-08 17:39:47
没太大问题,引物3‘端不能是A,最后的引物可以重新设计下。
2楼2014-03-07 18:03:10
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sxzxs

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by liulugang at 2014-03-07 18:03:10
没太大问题,引物3‘端不能是A,最后的引物可以重新设计下。

有人说第二个 引物二聚体有点严重,△G一般不应超过5,有影响么。最后的那个不好设计啊,要不,烦劳你帮我设计下。
3楼2014-03-07 19:42:50
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-03-08 17:40:06
大体上都可以,最后一组的反向引物可能会有些发卡结构,我给你个网址你自己可是看看引物好用否。http://www.basic.northwestern.edu/biotools/oligocalc.html
hehe
4楼2014-03-07 21:13:26
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