应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 自己设计的引物，不知道行不行，大家看看
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
91/1返回列表
查看: 3670  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

sxzxs

新虫 (初入文坛)

[求助] 自己设计的引物，不知道行不行，大家看看 已有4人参与

自己设计的qPCR引物，新手一个，不知道行不行，大家帮着看一看呗，谢谢了。

目的蛋白：Rattus norvegicus iodotyrosine deiodinase (Iyd)
NCBI Reference Sequence: NM_001025000.1
Sequence (5'->3') Length Tm GC% Self complementarity Self 3' complementarity
Forward primer AGGAGTACTTGGACACTGCC 20 59.02 55.00 6.00 3.00
Reverse primer AGACGAGGACCACAGTTGAG 20 59.04 55.00 3.00 2.00

目的蛋白：sodium/iodide cotransporter [Rattus norvegicus]
NCBI Reference Sequence: NP_443215.2

Sequence (5'->3') Length Tm GC% Self complementarity Self 3' complementarity
Forward primer GTGCCGACGACTTCTTTACC 20 58.93 55.00 3.00 0.00
Reverse primer ATCGGCAAGAAGAGAAACGC 20 58.92 50.00 2.00 2.00


目的蛋白：pendrin [Rattus norvegicus]
NCBI Reference Sequence: NP_062087.1

Sequence (5'->3') Length Tm GC% Self complementarity Self 3' complementarity
Forward primer CCCAGCACAGACATCTACAAA 21 57.94 47.62 4.00 0.00
Reverse primer CCAACTGTTGACTTGACGCA 20 58.99 50.00 7.00 2.00
有高手给指点一下呗，或者帮我设计一下也行，谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-03-07 14:51:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liulugang

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-03-08 17:39:47
没太大问题，引物3‘端不能是A，最后的引物可以重新设计下。
赞一下 回复此楼
2楼2014-03-07 18:03:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sxzxs

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liulugang at 2014-03-07 18:03:10
没太大问题，引物3‘端不能是A，最后的引物可以重新设计下。

有人说第二个 引物二聚体有点严重，△G一般不应超过5，有影响么。最后的那个不好设计啊，要不，烦劳你帮我设计下。
赞一下 回复此楼
3楼2014-03-07 19:42:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-03-08 17:40:06
大体上都可以，最后一组的反向引物可能会有些发卡结构，我给你个网址你自己可是看看引物好用否。http://www.basic.northwestern.edu/biotools/oligocalc.html
赞一下(1人) 回复此楼
hehe
4楼2014-03-07 21:13:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Lau_Kimura

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-03-08 17:40:33
楼主有没有使用软件？

自己设计（用眼看）的话，GC含量一般很好控制的50%的吧。

有没有Blast，看引物特异性怎么样？
赞一下 回复此楼
5楼2014-03-07 22:00:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Lau_Kimura

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by sxzxs at 2014-03-07 19:42:50
有人说第二个 引物二聚体有点严重，△G一般不应超过5，有影响么。最后的那个不好设计啊，要不，烦劳你帮我设计下。...

引物3’端出现3个以上的连续碱基，如GGG或CCC，也会使错误引发机率增加。
赞一下 回复此楼
6楼2014-03-07 23:10:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

youlinglyw

荣誉版主 (著名写手)

一匡天下

优秀版主

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-03-08 17:40:42
我一般用primer5，这个可以给打分

你可以用oligo去分析一下引物问题
赞一下 回复此楼
天行健
7楼2014-03-07 23:16:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sxzxs

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by Lau_Kimura at 2014-03-07 22:00:28
楼主有没有使用软件？

自己设计（用眼看）的话，GC含量一般很好控制的50%的吧。

有没有Blast，看引物特异性怎么样？

我不太懂，同学帮我设计得，用的primer3，特异性都没问题，就是怕里面有什么别的结构有影响
赞一下 回复此楼
8楼2014-03-08 10:01:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sxzxs

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by youlinglyw at 2014-03-07 23:16:17
我一般用primer5，这个可以给打分

你可以用oligo去分析一下引物问题

oligo 没用明白啊，不会用，要不，烦劳您帮我评价下，新手，心里没底啊
赞一下 回复此楼
9楼2014-03-08 10:04:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 sxzxs 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 328求调剂 +3 嗯滴的基本都 2026-03-27 3/150 2026-03-27 15:05 by 无际的草原
[考研] 考研化学308分求调剂 +10 你好明天你好 2026-03-23 12/600 2026-03-27 14:43 by shangxh
[材料工程] 一志愿C9材料与化工专业总分300求调剂 +7 曼111 2026-03-24 8/400 2026-03-27 13:53 by 杨杨杨紫
[考研] 22408 359分调剂 +3 Qshers 2026-03-27 3/150 2026-03-27 12:22 by wxiongid
[考研] 303求调剂 +7 安忆灵 2026-03-22 8/400 2026-03-27 11:46 by sanrepian
[硕博家园] 招收生物学/细胞生物学调剂 +3 IceGuo 2026-03-26 4/200 2026-03-27 05:35 by user003
[考研] 351求调剂 +4 麦克阿磊 2026-03-24 4/200 2026-03-27 00:32 by wxiongid
[考研] 294分080500材料科学与工程求调剂 +4 柳溪边 2026-03-26 4/200 2026-03-26 21:14 by XPU李庆
[考研] 一志愿北化求调剂 +3 Jsman 2026-03-22 3/150 2026-03-26 21:06 by ajpv风雷
[考研] 085601求调剂总分293英一数二 +4 钢铁大炮 2026-03-24 4/200 2026-03-26 16:28 by dick_runner
[考研] 289求调剂 +17 硕星赴 2026-03-23 17/850 2026-03-26 16:18 by 不吃魚的貓
[考研] 资源与环境 调剂申请(333分) +9 holy J 2026-03-21 9/450 2026-03-26 15:47 by 161765490
[考研] 材料277求调剂 +5 min3 2026-03-24 5/250 2026-03-26 15:13 by zzll406
[考研] 309求调剂 +4 gajsj 2026-03-25 5/250 2026-03-26 00:27 by Dyhoer
[考研] 0854AI CV方向招收调剂 +4 章小鱼567 2026-03-23 4/200 2026-03-25 17:04 by CoderLoser
[考研] 311求调剂 +3 冬十三 2026-03-24 3/150 2026-03-24 21:31 by peike
[考研] 344求调剂 +3 desto 2026-03-24 3/150 2026-03-24 10:09 by 搏击518
[考研] 335求调剂 +4 yuyu宇 2026-03-23 5/250 2026-03-23 23:49 by Txy@872106
[考研] 361求调剂 +3 Glack 2026-03-22 3/150 2026-03-23 22:03 by fuyu_
[考研] 269求调剂 +4 我想读研11 2026-03-23 4/200 2026-03-23 21:25 by pswait
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭