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cs2951819

银虫 (小有名气)

[求助] RT-PCR引物设计小白求问 已有1人参与

我已知一个基因的mRNA序列,现在我想根据mRNA序列,最终得到DNA序列,并做表达,那么我做RT-PCR,根据mRNA设计引物,5’和3’端的引物分别是什么呢?
5’端引物和mRNA是互补,3’端引物和mRNA序列一致?比如我随便举个mRNA序列例子,如下:TTCCCGAGCTCACCTTCCAGCCCAGCCCCGCCCCCGACCCGCCTGGCGGCCTCACCTACTTTCCCGTGGCCGACCTGTCTATCATCGCCGCCCTCTATGCCCGCTTCACCGCCCAGATCCGAGGCGCCGTCGACCTGTCCCTCTATCC,求大神告知,两个引物大概应该是什么样的?
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晞朔

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
cs2951819: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-06-01 15:39:32
首先,你说的mRNA应该是某基因的表达标签,完整的EST应该包含有CDS全长和5’-、3’-UTR区域。这个通常需要用你材料的cDNA为模板扩增。

至于引物,找到你的模板序列,一般用primer premier软件进行设计。设计出来的引物,通俗点说,你应该发现其正向引物与模板中某一段一致,反向引物与模板中某一段反向互补。这两个引物之间即是你要扩增的片段。

做定量表达,其长度最好在80-250 bp之间,并且靠近3’-UTR区,设计两对引物最好。
2楼2015-06-01 14:40:19
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cs2951819

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 晞朔 at 2015-06-01 14:40:19
首先,你说的mRNA应该是某基因的表达标签,完整的EST应该包含有CDS全长和5’-、3’-UTR区域。这个通常需要用你材料的cDNA为模板扩增。

至于引物,找到你的模板序列,一般用primer premier软件进行设计。设计出来 ...

谢谢大神!
3楼2015-06-01 15:39:33
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