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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » RT-PCR引物设计小白求问
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cs2951819

银虫 (小有名气)

[求助] RT-PCR引物设计小白求问 已有1人参与

我已知一个基因的mRNA序列，现在我想根据mRNA序列，最终得到DNA序列，并做表达，那么我做RT-PCR，根据mRNA设计引物，5’和3’端的引物分别是什么呢？
5’端引物和mRNA是互补，3’端引物和mRNA序列一致？比如我随便举个mRNA序列例子，如下：TTCCCGAGCTCACCTTCCAGCCCAGCCCCGCCCCCGACCCGCCTGGCGGCCTCACCTACTTTCCCGTGGCCGACCTGTCTATCATCGCCGCCCTCTATGCCCGCTTCACCGCCCAGATCCGAGGCGCCGTCGACCTGTCCCTCTATCC，求大神告知，两个引物大概应该是什么样的？
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1楼 2015-05-31 22:12:38
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晞朔

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
cs2951819: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-06-01 15:39:32
首先，你说的mRNA应该是某基因的表达标签，完整的EST应该包含有CDS全长和5’-、3’-UTR区域。这个通常需要用你材料的cDNA为模板扩增。

至于引物，找到你的模板序列，一般用primer premier软件进行设计。设计出来的引物，通俗点说，你应该发现其正向引物与模板中某一段一致，反向引物与模板中某一段反向互补。这两个引物之间即是你要扩增的片段。

做定量表达，其长度最好在80-250 bp之间，并且靠近3’-UTR区，设计两对引物最好。
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2楼2015-06-01 14:40:19
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cs2951819

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 晞朔 at 2015-06-01 14:40:19
首先，你说的mRNA应该是某基因的表达标签，完整的EST应该包含有CDS全长和5’-、3’-UTR区域。这个通常需要用你材料的cDNA为模板扩增。

至于引物，找到你的模板序列，一般用primer premier软件进行设计。设计出来 ...

谢谢大神！
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3楼2015-06-01 15:39:33
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