24小时热门版块排行榜    

查看: 2469  |  回复: 9

所谓医人z

铜虫 (初入文坛)

[求助] 新手求助关于逆转录PCR问题 已有3人参与

在下本科生一名,刚刚开始做创新实验,实验方法设计逆转录PCR等。想请教一下大侠们关于引物设计相关问题。
用primer 设计软件设计出来的上下游引物按道理应该是一个与已知mRNA相应序列互补,一个与已知mRNA相应序列相同吧?那么最后扩增的cDNA序列一半与已知mRNA相同,一半与已知mRNA互补吧?但是将PCR产物测序结果拿到NCBI进行BLAST后发现,上下游序列都是一样的呀?请各位前辈指导!拜谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gu666hong

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
所谓医人z(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-06-08 16:36:20
一般上游引物和mRNA是互补,下游是一样的。引物设计上下游的引物很多是反向互补的,blast的是cDNA文库,

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
2楼2014-06-08 01:25:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gu666hong

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

忘了说测序回来的他也只是读的cDNA那一条链,不是两条链。PCR产物测序只是从上下游读取一条有效链给你结果

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
3楼2014-06-08 01:30:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Lau_Kimura

铁虫 (正式写手)

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2014-06-08 02:48:37
内容已删除
4楼2014-06-08 02:13:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Lau_Kimura

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2014-06-08 02:49:04
“上下游序列都是一样的”,这才是正常的。PCR产物测序都是从5'端进行的,正向和反向测序是指对DNA的两条互补链分别测序,通常两个方向测序结果经校读后完全一致才能认为得到可靠结果。
5楼2014-06-08 02:39:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
所谓医人z(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-06-08 16:36:52
BLAST检测本来就考虑互补问题,2个互补的序列算是序列一致
6楼2014-06-08 09:51:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

所谓医人z

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gu666hong at 2014-06-08 01:25:44
一般上游引物和mRNA是互补,下游是一样的。引物设计上下游的引物很多是反向互补的,blast的是cDNA文库,

万分感谢~请问这方面有什么书籍可以参考吗?

[ 发自小木虫客户端 ]
7楼2014-06-08 11:16:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

所谓医人z

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by Lau_Kimura at 2014-06-08 02:13:07
逆转录使用的是随机引物,一种长度为 6~10 个核苷酸,由 4 种碱基随机组成的 DNA 片段。它们可以在 mRNA 的不同位点结合,合成的产物也是 RNA-DNA 的杂交体。这种杂交体一般不能构建载体,必须把这种杂交体中的 RNA ...

也就是说,逆转录以后做PCR扩增时,它的扩增模板有两条链?

[ 发自小木虫客户端 ]
8楼2014-06-08 11:20:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

所谓医人z

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gu666hong at 2014-06-08 01:25:44
一般上游引物和mRNA是互补,下游是一样的。引物设计上下游的引物很多是反向互补的,blast的是cDNA文库,

但是Primer Premier5.0设计引物后输出结果是上游与相应的mRNA一样而下游互补呀?

[ 发自小木虫客户端 ]
9楼2014-06-08 11:23:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gu666hong

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

首先你用ncbi查到的序列就是cDNA,你把它输入到primer 里设计肯定是一样的啊。你看你用来设计引物的序列是agct还是agcu..

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
10楼2014-06-09 22:51:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 所谓医人z 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 时间戳又变了 +3 wuchongjun 2026-08-20 4/200 2026-08-20 15:18 by felixwseu
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +17 基诺咪客 2026-08-17 21/1050 2026-08-20 14:54 by 昝占全2025
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜? +16 Ldrop2023 2026-08-13 20/1000 2026-08-20 11:07 by xskun
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +21 yaoyewhu2008 2026-08-20 21/1050 2026-08-20 10:37 by Vivilian
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +14 kkkl_v 2026-08-19 15/750 2026-08-20 08:21 by sunzitan
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +11 ziyangfang 2026-08-19 13/650 2026-08-19 21:28 by aasahr
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +4 yuleib84 2026-08-19 5/250 2026-08-19 19:52 by hhs666
[基金申请] 今天放榜吗? +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +10 wangze12014 2026-08-14 12/600 2026-08-19 16:56 by 苦难博士
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 快农历七夕节了,轻松一下,男人悄悄话,女施主请不要进来。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-19 09:56 by ZJTJZ
[基金申请] 什么时候开奖? +6 CrisMessi 2026-08-18 6/300 2026-08-19 08:06 by Equinoxhua
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 6/300 2026-08-18 15:36 by wwm09
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +14 archvillain 2026-08-15 26/1300 2026-08-18 13:37 by phantomgost
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[精细化工] 招聘 金属平磨液,抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
信息提示
请填处理意见