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新手求助关于逆转录PCR问题
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所谓医人z
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新手求助关于逆转录PCR问题
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在下本科生一名,刚刚开始做创新实验,实验方法设计逆转录PCR等。想请教一下大侠们关于引物设计相关问题。
用primer 设计软件设计出来的上下游引物按道理应该是一个与已知mRNA相应序列互补,一个与已知mRNA相应序列相同吧?那么最后扩增的cDNA序列一半与已知mRNA相同,一半与已知mRNA互补吧?但是将PCR产物测序结果拿到NCBI进行BLAST后发现,上下游序列都是一样的呀?请各位前辈指导!拜谢
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【求助/交流】逆转录第一链cDNA是否成功了,帮忙看一下
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1楼
2014-06-08 00:16:24
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4楼
:
Originally posted by
Lau_Kimura
at 2014-06-08 02:13:07
逆转录使用的是随机引物,一种长度为 6~10 个核苷酸,由 4 种碱基随机组成的 DNA 片段。它们可以在 mRNA 的不同位点结合,合成的产物也是 RNA-DNA 的杂交体。这种杂交体一般不能构建载体,必须把这种杂交体中的 RNA ...
也就是说,逆转录以后做PCR扩增时,它的扩增模板有两条链?
[ 发自小木虫客户端 ]
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8楼
2014-06-08 11:20:35
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2014-06-08 16:36:20
一般上游引物和mRNA是互补,下游是一样的。引物设计上下游的引物很多是反向互补的,blast的是cDNA文库,
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2楼
2014-06-08 01:25:44
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忘了说测序回来的他也只是读的cDNA那一条链,不是两条链。PCR产物测序只是从上下游读取一条有效链给你结果
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3楼
2014-06-08 01:30:58
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Lau_Kimura
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gyesang: 金币+2, 鼓励交流!
2014-06-08 02:49:04
“上下游序列都是一样的”,这才是正常的。PCR产物测序都是从5'端进行的,正向和反向测序是指对DNA的两条互补链分别测序,通常两个方向测序结果经校读后完全一致才能认为得到可靠结果。
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5楼
2014-06-08 02:39:03
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