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NanHao1991

铜虫 (初入文坛)

[求助] PCR没有条带,求助已有3人参与

序列如下:
atgtctttgaacgactttcaaaagcaacaaaagcaggccgctcccaaaccaaagaagactttgaagcttgtctccagttccggtatcaagttggccaatgctaccaagaaggttggcacaaaacctgccgaatctgataagaaagaggaagagaagtctgctgaaaccaaagaaccaactaaagagccaacaaaggtcgaagaaccagttaaaaaggaggagaaaccagtccagactgaagaaaagacggaggaaaaatcggaacttccaaaggtagaagaccttaaaatctctgaatcaacacataataccaacaatgccaatgttaccagtgctgatgccttgatcaaggaacaggaagaagaagtggatgacgaagttgttaacgatatgtttggtggtaaagatcacgtttctttaattttcatgggtcatgttgatgccggtaaatctactatgggtggtaatctactatacttgactggctctgtggataagagaactattgagaaatatgaaagagaagccaaggatgcaggcagacaaggttggtacttgtcatgggtcatggataccaacaaagaagaaagaaatgatggtaagactatcgaagttggtaaggcctactttgaaactgaaaaaaggcgttataccatattggatgctcctggtcataaaatgtacgtttccgagatgatcggtggtgcttctcaagctgatgttggtgttttggtcatttccgccagaaagggtgagtacgaaaccggttttgagagaggtggtcaaactcgtgaacacgccctattggccaagacccaaggtgttaataagatggttgtcgtcgtaaataagatggatgacccaaccgttaactggtctaaggaacgttacgaccaatgtgtgagtaatgtcagcaatttcttgagagcaattggttacaacattaagacagacgttgtatttatgccagtatccggctacagtggtgcaaatttgaaagatcacgtagatccaaaagaatgcccatggtacaccggcccaactctgttagaatatctggatacaatgaaccacgtcgaccgtcacatcaatgctccattcatgttgcctattgccgctaagatgaaggatctaggtaccatcgttgaaggtaaaattgaatccggtcatatcaaaaagggtcaatccaccctactgatgcctaacaaaaccgctgtggaaattcaaaatatttacaacgaaactgaaaatgaagttgatatggctatgtgtggtgagcaagttaaactaagaatcaaaggtgttgaagaagaagacatttcaccaggttttgtactaacatcgccaaagaaccctatcaagagtgttaccaagtttgtagctcaaattgctattgtagaattaaaatctatcatagcagccggtttttcatgtgttatgcatgttcatacagcaattgaagaggtacatattgttaagttattgcacaaattagaaaagggtaccaaccgtaagtcaaagaaaccacctgcttttgctaagaagggtatgaaggtcatcgctgttttagaaactgaagctccagtttgtgtggaaacttaccaagattaccctcaattaggtagattcactttgagagatcaaggtaccacaatagcaattggtaaaattgttaaaattgccgagtaatc
上游引物:
aacaggatccatgtcggattcaaacTCTAGAtctGAATTCatgtctttgaacgact
注:aacaggatccatgtcggattcaaacTCTAGAtctGAATTC是添加的酶切位点和一段多肽;
下游引物:
ggcggGAgctctTgattactcggc
该对引物怎么做都做不出来,试过各种条件,后来发现是上游引物3’端有发夹结构。
于是,将上游引物拆成F1和F2两个引物,如下:
F-1
tcaaacTCTAGAtctGAATTCatgtctttgaacgact
F-2
aacaggatccatgtcggattcaaacTCTAGAtctG
策略是:
1. 用F1和R扩增出短序列(红色);
2. 用上步产物做模板,用F2和R扩增出长序列(蓝色)。

目前卡在1了,死活扩增不出短序列。跑胶结果显示引物区域很亮,引物都在内耗啊。。。
这是怎么回事啊,是引物设计的问题吗?有没有哪位能帮忙看下引物啊,虽然有些互补但都是必要序列没办法修改的。多谢多谢!

PCR没有条带,求助
图片1.png
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Talentisenduring***
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guoliwang

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2014-11-18 11:56:18
可以改变PCR反应条件和温度试试啊。
慎思明辨博学笃行
2楼2014-11-18 10:17:29
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ksws0465326

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
序列是基因组里的,还是质粒上的,用的体系是什么样的,反映条件如何,用的普通taq酶还是什么,作为模板加入量是多少,都有可能引起不同结果,不说明条件别人想帮也帮不来啊
3楼2014-11-18 14:04:24
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zhaodahe

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
3'有发夹结构是躲不掉的,把引物序列延长,同时提高退火温度试试。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
4楼2014-11-18 18:23:46
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