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冷雁孤旅

木虫 (著名写手)

[求助] 求助QPCR扩增效率的影响因素

各位大侠,小弟在做QPCR(SYBR),在验证引物可用性的时候
        1.使用的模板是普通PCR产物的模板(做的原核生物,为了节约CDNA)2 UL,按照10倍梯度稀释
              2.引物浓度时200MM
              3.退火温度是57.5℃
              4.扩增条件:95℃ 30 S (1 CYCLE), 95℃ 5S(40 CYCLES) ,57.5℃ 31 S  20UL 体系
               结果:溶解曲线是单峰,但是扩增效率太高了,有的基因达到200%,
        我想求教大侠:在不换引物的前提下:1.使用PCR产物模板,是否模板浓度太高会使得扩增效率降低?
                                          2.退火温度提高了,是否会使得扩增效率降低?@西瓜  @biostar2009 @孙启亮 @cicelyzh
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生命不息奋斗不止
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小璜大侠

新虫 (初入文坛)

哥们,我遇到一样的问题,也是pcr产物模板,在高拷贝数的时候,扩增效率很好,接近1,但是在低浓度的时候,扩增效率很高,也就是低浓度的时时候,ct值随着稀释倍数的变化不够,请问你后面是怎么解决的,多谢!
6楼2015-08-26 08:58:00
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vapordw

新虫 (初入文坛)

单峰 效率到200%- -这个我也学习一下为啥。。。
2楼2014-08-18 16:18:09
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冷雁孤旅

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by vapordw at 2014-08-18 16:18:09
单峰 效率到200%- -这个我也学习一下为啥。。。

模板稀释不准 以及 CDNA浓度问题 浓度太高会影响扩增效率 以前看别人帖子提过  自己后来按照2倍稀释后 扩增效率在95-100.01之间 经验共享 希望对你有帮助
生命不息奋斗不止
3楼2014-08-19 00:14:39
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yangxy04

金虫 (小有名气)

扩增效率200%!!!题主要考虑是否在模板稀释过程中出现问题,是否存在高浓度样品污染低浓度样品的情况。具体的要看了你的扩增曲线、溶解曲线以及标准曲线的结果才能判断。
其次题主提到的两个问题
1、模板浓度过高会抑制PCR反应,可能会导致扩增效率降低。但同时可能会出现非特异性扩增导致结果的Ct值不可信,最终导致扩增效率不可信。
2、在一定范围内提高退火温度不会太影响扩增效率。

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4楼2014-08-20 16:47:07
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