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liuhaieres

铜虫 (小有名气)

[求助] 30金 咨询RACE 引物是否正反向有问题 已有3人参与

最近本人准备做race 扩全长实验  已经被搞得头晕眼花    同学说引物方向有问题  应该把5端改成正向 3端改成反向   现求助大神帮我看看 到底应该怎么样 甚是感激 !!!
已知的中间序列:ttCCATTAACTTGTAAGCTAGTTTtACcAtCTCTTGAGCATATTCTTGGCATGCCTCCCT
TATCTCAGGCGGGTATTCAGGCCACTGATTAATCCACTCTGTCACCTCCTTGTCATCAGG
CTCATGGgAAGCCGGGATGAAGGTGGGTTCCTCTATaGTAAAATCAAAAaCCtCcTTCCA
GTCCcTtACGTTTTtGGTGTGCTCAGTTTCGTAGTAACCCAACACCTCCTTATCATTCCT
TCTGACCTTCCTCTTGTCCTCTAAACTCTGTGCAAAGAacTTCCTCGCTGCAGCCTCAAT
CCTCTGGCGCTtCTCCAAGGgCACCCcGTGgTtGATCACCTGGAAGAACCCCCATTCCTT
GCATGCTTTGCGTATCTCGCTAACAAGGCCTTCAACGGCAGAAACATCGCCGGAGGAGAG
TATAGGAgAAaGATCAATCAACGGGATGCCTTCGGCTTCGGtGAATAcGATTCTGGGTCT
GTGTTCAGGGTCTTGGAAGAAAGCTGGATCAACcTCTCCcATAGTTGGTg
设计的引物是:
名称        引物                                                   退火温度                             序列位置
3GSP1        GAAGAACCCCCATTCCTTGC                65                  343-362
3GSP2        TCTGGGTCTGTGTTCAGGGTCTTG        69                   472-495
5GSP1        GTTACTACGAAACTGAGCACACCAA        65                   218-194
5GSP2        ATGCCAAGAATATGCTCAAGAGA        64                    52-30
另外 原先准备是用takara的RACE 试剂盒 所以是根据里面的通用引物设计的特异性引物   后来又是准备用clontech的试剂盒 不知道通用引物不一样 会不会影响很大的! 谢谢!!
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liuhaieres

铜虫 (小有名气)

肿么木人理我。。。自己顶一下 伤心哈
2楼2014-07-16 14:46:53
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512102979

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

3'设计引物是sense,5'是antisense
3楼2014-07-25 10:44:49
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匿名

用户注销 (正式写手)

本帖仅楼主可见
4楼2014-08-11 22:19:38
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匿名

用户注销 (正式写手)

本帖仅楼主可见
5楼2014-08-11 22:20:26
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王方平

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

推荐一个简单粗暴的方法,你完全可以反向与不反向都试试,看哪种有结果就用哪种
6楼2014-09-24 21:23:20
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