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lanlvmaomao

新虫 (初入文坛)

[求助] 引物设计后,看引物的特异性已有3人参与

本人菜鸟,刚刚学会设计引物。在验证引物特异性方面还有点疑问。这是我的一个引物的验证特异性的结果。求大家给看看特异性如何。
基因  NM_053056.2 Homo sapiens cyclin D1 (CCND1), mRNA
上游 CCCTCGGTGTCCTACTTCA
下游 CTCCTCGCACTTCTGTTCCT


MFEprimer2.0结果还不错。但是blast,有非特异的扩增,但是扩增片段蛮大的。求问战友,一般扩增多大的话可以忽略呢。要做好几种基因,有些基因的引物扩增还有几百bp的,这种是不是就不能忽略了呢。谢谢大家回答哈
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
lanlvmaomao(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-04-12 17:10:06
lanlvmaomao: 金币+2 2014-04-16 11:06:07
软件分析、blast比对之类的东西都是很虚的,只能做参考。最好就是拿到引物后直接做个PCR,由实验结果分析引物的好坏。以前碰到过太多分析分数很高但是实际应用不好的引物,所以现在我都是一个primer 5把引物设计好就直接用了,都懒得分析。
2楼2014-04-12 16:52:12
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Neo2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
lanlvmaomao(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-04-12 17:10:17
lanlvmaomao: 金币+2 2014-04-16 11:06:14
从经验来看,primer-blast是个不错的选择,几乎百发百中

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2014-04-12 17:01:17
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Echo_QIN

新虫 (初入文坛)

★ ★ ★
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流! 2014-04-13 18:33:10
你好,我也最近做这方便的工作,想检验下我的primer产物,可是我放到NCBI的primer-blast中输进去forwad primer 和reverse primer ,出来的结果只有关于primer 的性质,根本没有预期产物,请问能帮我分析下吗,谢谢了
4楼2014-04-13 13:39:45
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

看不到
5楼2014-04-14 16:25:24
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yuren2009

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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blast只要出现你的目的基因就行了,实践验证又是另外一回事。
学习使你立于不败之地
6楼2014-04-14 17:34:30
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yuren2009

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by Echo_QIN at 2014-04-13 13:39:45
你好,我也最近做这方便的工作,想检验下我的primer产物,可是我放到NCBI的primer-blast中输进去forwad primer 和reverse primer ,出来的结果只有关于primer 的性质,根本没有预期产物,请问能帮我分析下吗,谢谢 ...

你是不是放错位置了?也有可能基因库中还没有人传相关序列。
学习使你立于不败之地
7楼2014-04-14 17:36:17
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hualidy

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by Echo_QIN at 2014-04-13 13:39:45
你好,我也最近做这方便的工作,想检验下我的primer产物,可是我放到NCBI的primer-blast中输进去forwad primer 和reverse primer ,出来的结果只有关于primer 的性质,根本没有预期产物,请问能帮我分析下吗,谢谢 ...

反向引物也是5‘-3’的顺序,遇到这种情况就是你把反向引物给弄反了,以前我也试过,你再试试!
8楼2014-04-15 15:03:03
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葱花炒蛋

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by hualidy at 2014-04-15 15:03:03
反向引物也是5‘-3’的顺序,遇到这种情况就是你把反向引物给弄反了,以前我也试过,你再试试!...

我也遇到同样的情况,我用primer5直接copy出来的引物序列,顺序是5‘-3’的,这个没错,但是也是只出现primer的性质,也是没预期产物的,你的问题现在解决了吗?我还不知道怎么去操作。
9楼2015-07-27 09:10:33
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