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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 请问设计引物前为什么要进行同源性比较？？
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sckcf

铜虫 (小有名气)

[求助] 请问设计引物前为什么要进行同源性比较？？

如题设计引物前为什么要进行同源性比较？？怎样进行同源性比较。。是和谁比较同源性比较啊？？比较了同源性又怎样根据它设计引物？？？跪求分子高手帮忙？？？
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1楼 2013-11-24 20:38:15
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xinying7006

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
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gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-11-25 20:35:10
研究物种中目的基因序列已知的话就不需要同源性比较  直接设计特异性引物     如果序列未知  则根据近似物种序列比较序列保守区  设计简并引物  若近似物种也没有相关基因信息    基因序列又高度保守  也可以是人 鼠 原鸡等的比较
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6楼2013-11-25 08:53:58
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zh10246

铁杆木虫 (文坛精英)
★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-11-25 20:35:17
谁说了设计引物前要进行同源性比较，如果知道序列，直接涉及就是了，看你的目的是什么
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2楼2013-11-24 20:42:31
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wangweida2

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-11-25 20:35:01
同源性比较是看引物特异性如何的。比如你是以人类基因组为模板，设计的引物对除了和你扩增的靶点完全配对外，可能还有多个结合位点，这样引物扩增效率会降低，也可能有非特异性产物带。实际操作中，同源性比较没有太大意义，因为正向引物，反向引物同时有非特异性结合位点且片段大小和特异性产物带相近的概率很低，尤其你扩增的还是保守序列。所以不用纠结这个问题，PCR结果不好再分析。
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9楼2013-11-25 11:55:51
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普通回帖

sckcf

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh10246 at 2013-11-24 20:42:31
谁说了设计引物前要进行同源性比较，如果知道序列，直接涉及就是了，看你的目的是什么

我想搞个基因原核克隆表达。。。。同源性比较有什么意义啊，是不是同一属不同种之间比较啊？？
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3楼2013-11-24 20:55:14
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zh10246

铁杆木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★
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kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-11-24 21:46:32
看基因的相似性有多少，功能区是否保守，不一定，可以是人，小鼠，大鼠，狗，猫的同源基因比较
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4楼2013-11-24 21:10:34
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sckcf

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zh10246 at 2013-11-24 21:10:34
看基因的相似性有多少，功能区是否保守，不一定，可以是人，小鼠，大鼠，狗，猫的同源基因比较

相似性是和哪个序列比较啊？？？我克隆的这个基因功能保守。。。。
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5楼2013-11-24 21:27:13
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sckcf

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by xinying7006 at 2013-11-25 08:53:58
研究物种中目的基因序列已知的话就不需要同源性比较  直接设计特异性引物     如果序列未知  则根据近似物种序列比较序列保守区  设计简并引物  若近似物种也没有相关基因信息    基因序列又高度保守  也可以是人 鼠 ...

谢谢
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7楼2013-11-25 09:42:47
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三蛰

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-25 20:35:48
先得从NCBI上检索各种近似物种的同源基因，然后进行blast，找出保守序列，根据保守序列设计引物，当然如果要做克隆，可能要加酶切位点。
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我不会！
8楼2013-11-25 10:15:41
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wangweida2

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
gyesang: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-25 20:35:43
补充一下，同源性比较的话是和所用模板比较。比如你是以小鼠基因组为模板，设计的引物就是和小鼠基因组比较。目的是看引物有没有非特异性结合位点，特别要避免非特异性结合位点的3'末端完全配对。
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10楼2013-11-25 12:01:01
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