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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 请问设计引物前为什么要进行同源性比较？？
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sckcf

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by wangweida2 at 2013-11-25 12:01:01
补充一下，同源性比较的话是和所用模板比较。比如你是以小鼠基因组为模板，设计的引物就是和小鼠基因组比较。目的是看引物有没有非特异性结合位点，特别要避免非特异性结合位点的3'末端完全配对。

麻烦在问一下。。。如果我要设计某细菌的一个外膜蛋白的引物（序列未知）。。。是不是要相近细菌的那个外膜蛋白，找同源性高，且而保守序列来设计引物。。还是说相近细菌的随便哪个基因设计引物？？？
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11楼2013-11-25 15:33:58
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沙门小rna

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... ;LINK_LOC=blasthome
这个网页。ncbi上核苷酸序列比对。
比对出来如果在你的扩增目的模板上没有其他结合位点就可以用了。如果有。请看是不是在你目的条带周围出现。
在我的印象中。这个比对虽然没有出现过什么重复情况，但是如果你引物序列数目太少，就极有可能重复。在设计时候要避免的。
以前我做northern时候设计了16bp的探针。没有blast结果在我的基因组上还有别的完全匹配。这样的序列我是没法用的。还好老师提醒我了。然后重新发的引物。。一般pcr的话也还是要比对之后才放心用比较好！
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应助之星就是我~没错。你没有看错~
12楼2013-11-25 15:43:04
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xikexiao

禁虫 (小有名气)
感谢参与，应助指数 +1
本帖内容被屏蔽
13楼2013-11-25 15:56:12
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sckcf

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by xikexiao at 2013-11-25 15:56:12
楼主是要克隆野生菌的基因吗？

呃。。。。不是
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14楼2013-11-25 18:09:00
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wangweida2

新虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by sckcf at 2013-11-25 15:33:58
麻烦在问一下。。。如果我要设计某细菌的一个外膜蛋白的引物（序列未知）。。。是不是要相近细菌的那个外膜蛋白，找同源性高，且而保守序列来设计引物。。还是说相近细菌的随便哪个基因设计引物？？？...

序列未知是数据库里查不到还是不知道如何查？如果知道蛋白序列也可以推测DNA序列然后设计简并引物。
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15楼2013-11-26 12:20:03
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sckcf

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
15楼: Originally posted by wangweida2 at 2013-11-26 12:20:03
序列未知是数据库里查不到还是不知道如何查？如果知道蛋白序列也可以推测DNA序列然后设计简并引物。...

问了一下师兄他说我们实验室做的是野毒株。。。
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16楼2013-11-27 12:09:05
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